组学分析之ChIP-Seq，蛋白质修饰。这里是佳奥，我们进入新一篇章的学习！
首先根据生信技能树的课程思维导图简要列出实战分析的流程：
sra-tools：下载测序数据
fastqc,multiqc,trim_galore 测序数据的质量控制
bowtie,bowtie2,bwa 比对到参考基因组
MACS2,homer 找到IP的结合位点，坐标bed文件
deeptools 一些可视化
meme/homer motif 计算motif序列
annotation(R包，ChIPpeakAnno，ChIPseeker)
-
高阶分析
peaks差异分析
peaks对应的基因的富集分析
这是视频网站的一个关于详细讲解ChIP-seq 的课程，视频网址后缀在这：
/watch?v=zwuUveGgmS0
- step 1: quality control(check in IGV or draw heat-map)
- step 2: from reads to coverage(match)
- step 3: signal and noise(input and treatment)
- step 4: modeling background
- step 5: from reads to peaks(core part, example MACS2)
最后，有关课程资料、源代码在这里：
http://www.bio-info-trainee.com/7210.html
QQ截图20220808153246.png
下一篇我们开始必要的软件安装。
我们下一篇再见！
