2019-12-1生物软件学习笔记4

组装细菌基因组
一.上Genome Announcements网站
(https://mra.asm.org/)找-篇细菌基因组
文章;找到文章记载的SRA号;

4.1.png

一从SRA数据库上用prefetch下载该文件;

4.2.png

4.3.png

一Fastq-dump解压;

4.4.png

一Fastqc质控; 去接头;

4.5.png

4.6.png

4.7.png

一Spades组装基因组草图;

4.8.png

4.9.png

4.10.png

一Quast评价组装的基因组效果

• 人面猴

  序言：七十年代末，一起剥皮案震惊了整个滨河市，随后出现的几起案子，更是在滨河造成了极大的恐慌，老刑警刘岩，带你破解...

  沈念sama阅读 217,657评论 6赞 505
• 死咒

  序言：滨河连续发生了三起死亡事件，死亡现场离奇诡异，居然都是意外死亡，警方通过查阅死者的电脑和手机，发现死者居然都...

  沈念sama阅读 92,889评论 3赞 394
• 救了他两次的神仙让他今天三更去死

  文/潘晓璐 我一进店门，熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来，“玉大人，你说我怎么就摊上这事。” “怎么了？”我有些...

  开封第一讲书人阅读 164,057评论 0赞 354
• 道士缉凶录：失踪的卖姜人

  文/不坏的土叔 我叫张陵，是天一观的道长。 经常有香客问我，道长，这世上最难降的妖魔是什么？ 我笑而不...

  开封第一讲书人阅读 58,509评论 1赞 293
• 港岛之恋（遗憾婚礼）

  正文 为了忘掉前任，我火速办了婚礼，结果婚礼上，老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己，他们只是感情好，可当我...

  茶点故事阅读 67,562评论 6赞 392
• 恶毒庶女顶嫁案：这布局不是一般人想出来的

  文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着，像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上，一...

  开封第一讲书人阅读 51,443评论 1赞 302
• 城市分裂传说

  那天，我揣着相机与录音，去河边找鬼。 笑死，一个胖子当着我的面吹牛，可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播，决...

  沈念sama阅读 40,251评论 3赞 418
• 双鸳鸯连环套：你想象不到人心有多黑

  文/苍兰香墨 我猛地睁开眼，长吁一口气：“原来是场噩梦啊……” “哼！你这毒妇竟也来了？” 一声冷哼从身侧响起，我...

  开封第一讲书人阅读 39,129评论 0赞 276
• 万荣杀人案实录

  序言：老挝万荣一对情侣失踪，失踪者是张志新（化名）和其女友刘颖，没想到半个月后，有当地人在树林里发现了一具尸体，经...

  沈念sama阅读 45,561评论 1赞 314
• 护林员之死

  正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡，尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...

  茶点故事阅读 37,779评论 3赞 335
• 白月光启示录

  正文 我和宋清朗相恋三年，在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...

  茶点故事阅读 39,902评论 1赞 348
• 活死人

  序言：一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡，死状恐怖，灵堂内的尸体忽然破棺而出，到底是诈尸还是另有隐情，我是刑警宁泽，带...

  沈念sama阅读 35,621评论 5赞 345
• 日本核电站爆炸内幕

  正文 年R本政府宣布，位于F岛的核电站，受9级特大地震影响，放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜，却给世界环境...

  茶点故事阅读 41,220评论 3赞 328
• 男人毒药：我在死后第九天来索命

  文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹，春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...

  开封第一讲书人阅读 31,838评论 0赞 22
• 一桩弑父案，背后竟有这般阴谋

  文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至，却和暖如春，着一层夹袄步出监牢的瞬间，已是汗流浃背。 一阵脚步声响...

  开封第一讲书人阅读 32,971评论 1赞 269
• 情欲美人皮

  我被黑心中介骗来泰国打工， 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留，地道东北人。 一个月前我还...

  沈念sama阅读 48,025评论 2赞 370
• 代替公主和亲

  正文 我出身青楼，却偏偏与公主长得像，于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子，可洞房花烛夜当晚...

  茶点故事阅读 44,843评论 2赞 354

推荐阅读更多精彩内容

• 细菌基因组的组装

  一、获取SRA号 登录Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/），搜...

  々不发呆阅读 4,556评论 0赞 5
• 组装细菌基因组

  一、找到合适的基因序列 1.在Genome Announcements网站找一篇细菌基因组文章，并找到文章记载的S...

  粥粥zz阅读 764评论 0赞 1
• 细菌基因组的下载及组装

  一.细菌基因组下载 1.登陆Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/...

  小奶包_441a阅读 1,879评论 0赞 3
• 组装细菌基因组

  1.上Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/）找一篇细菌基因组文章...

  adventure_89eb阅读 680评论 0赞 2
• 2019-12-12

  一、下载短序列在Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/）上任意找一...

  奈丝_32e8阅读 311评论 0赞 0