一、下载短序列
在Genome Announcements网站（https://mra.asm.org/）上任意找一篇细菌基因组文章；记载SRA号：SRR10028728，用prefetch下载该文件
prefetch SRR10028728
结果如下，序列自动保存在ncbi中
yi.PNG
二、Fastq-dump解压
fastq-dump --gzip --split-3 SRR10028728.sra
结果如图
解压.PNG
三、Fastqc质控，去接头
fastqc SRR10028728_1.fastq.gz
fastqc SRR10028728_2.fastq.gz
结果如图
去接头.PNG
将质量控制后的结果文件下载下来，并打开查看
SRR10028728_1_fastqc
heml.PNG
SRR10028728_2_fastqc
heml2.PNG
可以看到短序列几乎都位于绿色区域，说明数据质量良好
四、Spades组装基因组草图
~/ncbi/public/sra$ spades.py --only-assembler --phred-offset 33 -k 55 --s1 SRR10028728_1.fastq.gz -o ./SPAdes1
~/ncbi/public/sra$ spades.py --only-assembler --phred-offset 33 -k 55 --s1 SRR10028728_2.fastq.gz -o ./SPAdes2
结果如图
1.PNG
2.PNG
五、Quast评价组装结果
~/Biosofts/quast-5.0.0$ quast.py ~/ncbi/public/sra/SPAdes1/contigs.fasta
~/Biosofts/quast-5.0.0$ quast.py ~/ncbi/public/sra/SPAdes2/contigs.fasta
结果如图
SPAdes1
结果1.PNG
SPAdes2
结果2.PNG
