福建巡按程昌奏报朝廷称，延平、建宁、邵武、福州等地士卒不受约束，有动乱可能，请求朝廷派一简命大臣前往巡抚。兵部和福建巡按御史周鸳都建议朝廷派王阳明就近行巡抚之责。二月十三日，明武宗下旨，令王阳明前往福建处置，查明镇巡以下官员的功过得失上报朝廷，南赣政务暂由兵备副使杨璋代理。
游戏皇帝朱厚照计划南巡，朝中大臣纷纷谏阻，明武宗震怒，三月中旬，兵部武选郎中莆田人黄巩、车驾员外郎兰溪人陆震、吏部员外郎夏良胜、礼部主事万潮、太常博士陈九川、医士嘉定人徐鏊，俱下锦衣狱，然后与大理寺正周叙等一起肩扛枷锁，罚跪到天黑。郎中孙凤等107人被杖责三十，刑部主事郾城人刘校、照磨刘珏死于杖下。孙凤、陆俸、张衍瑞、姜龙、舒芬等被贬谪，其余官员罚俸六个月。
五月十七日，江西巡抚、右副都御史孙燧，巡按御史林潮与镇守太监毕真，上《宸濠孝行宜旌表》，礼科给事中邢寰驳其悖谬，礼部尚书毛澄覆毕真等谄附。明武宗对朱宸濠谋逆之事也有耳闻，生气地说，宗藩表现怎么样，朝廷自知，用得了大臣请求表彰吗？
这事确实有点蹊跷，毕真和宁王是一伙，但孙燧和林潮都是绝对的忠臣，这就有几种可能：他们对宁王谋反的阴谋毫无觉察，上表只是附和毕真，避免得罪宁王；或者觉察宁王的谋反迹象，为了麻痹宁王，而附和上表。但是作为巡抚和巡按，对地方异动毫无觉察，肯定是失责的。
御史萧淮上奏揭发宁王招纳亡命之徒，与盗匪凌某、闵某相互勾连，在西山蓄养战马上万匹，在南康有战船上千艘；荼毒危害整个江西，甚至殃及邻省；各色差官接踵而至京师，不知来做什么。
萧淮还列举了宁王党羽的名单，如致仕右都御史李士实、仪宾顾官祥、指挥葛江、引礼丁璝、内使陈贤、义官倪庆、省察官黄海、校尉查五、乐工秦营等，敦促皇上及早压制，否则后患无穷！
宁王一直贿赂朝中的臧贤、朱宁和张锐等人，南昌谢仪与东厂太监张锐友善，就劝张锐不要接受贿赂，因为宁王有蓄谋造反的迹象。
朱宁认为萧淮是胡说八道，把他的奏章带回家压了不少时间，并约张锐一起上表为宁王求旌赏。张锐推辞了，对朱宁说，如果萧淮所奏不实，自然没有好下场。朱宁这才把奏章交内阁廷议，首辅杨廷和主张由皇上下旨派人对宁王进行戒谕。
