这理论当然有种种困难。第一，它甚是古怪。第二、既然物理事件系列由自然法则严格决定，那么精神世界系列和它平行，必定同样带决定论性质。这理论假如确实，就该有一种什么可能有的词典，里面把每个大脑事件翻译成相应的精神世界，一个想象中的计算者可根据动力学定律计算大脑事件，再借助这词典推断伴随着的精神世界，即使没有词典作为计算者，也可以推断人的所言所行，因为这两项全是肉体的运动，这种见解跟基督教伦理及罪降罚说恐怕很难取得调和。
不过这些结果并不是立刻就可以明了的。此一说看来有两点高明处。第一是既然灵魂绝不受肉体的作用，所以这理论使灵魂在某个意义上完全不依附于肉体，第二是它承认了“一实体对另一实体不能起作用”这个一般原理，实体有精神和物质两个，它们极不相似，起相互作用似乎是不可想象的事。格令克斯的理论否定相互作用的实在，却说明相互作用的现象。
在力学方面，笛卡尔承认第一运动定律，照这定律讲，物体若不受外力影响，要沿直线等速的运动，但是不存在后来牛顿的万有引力说里讲的那种超距运动。所谓真空这种东西根本是没有的，也没有什么原子，然而所有相互作用全带碰撞性质。假使我们的知识真够丰富，我们就可以使化学和生物学化为力学，胚种发育成动物或植物的过程是纯粹机械运动过程。亚里士多德讲的那三样灵魂是不必要的，三样里只有一样即理性灵魂存在，而且仅存在于人类。
笛卡尔小心翼翼的躲避着神学上的谴责，发展起来一个宇宙演化论跟柏拉图时代以前某些哲学家的宇宙演化论不无相像。他说我们知道世界是如此，但是且看它很本可能如何自然生成，也很有意思。笛卡尔做出一个漩涡形成说，在太阳周围的实空里有巨大的漩涡带动着行星回转，这理论精妙倒精妙，但是不能说明行星轨道何以不是圆形的，而是椭圆形的。漩涡说在法国得到了一般承认，逐渐的才被牛顿理论夺去它的地位，牛顿的原理最早的英文版的编定者寇次畅论漩涡说开启无神论的大门，而牛顿的学说需要有神使行星在不朝太阳的方向上运动起来。他认为根据这点就该喜欢牛顿。
现在来讲就纯哲学而论，笛卡尔的两本最重要的书。这两本书是《方法论》和《沉思录》，两书有很多重复，不必要分开谈。
在这两本书中，笛卡尔开始先说明一向被人称作笛卡尔式怀疑的方法，笛卡尔为了使他的哲学获得牢固基础，决心让自己怀疑他好歹总能怀疑的一切事物。因为他预料到这个过程可能需要若干时间，所以他决定在这段期间按普通公认的规矩节制自己的行为举止，这样他的精神就免得受个人关于实践方面的怀疑所引起的可能后果的妨害。
笛卡尔从关于各种感觉的怀疑入手。他说我能不能怀疑我正穿着衬衣坐在这炉火旁边？能，我能怀疑，因为有时候我实际赤身睡在床上，可是我梦见了我在这里，并且精神病人往往有幻觉，所以我也可能处在同样状况。
不过梦这东西好像画家带给我们实际事物的写照，至少按梦的各个组成要素讲如此，所以说一般有形性质，包括广延性、大小和数目之类的东西，不像关于个别事物的信念容易怀疑。算术和几何学讨论的不是个别事物，因此就比物理学和天文学确实，甚至对梦中对象来讲也适用，梦里的对象在数目和广延性方面与真实对象没有区别。然而即使对于算术和几何仍可能怀疑，说不定每当我来数一个正方形的边数或算2+3的时候，神就叫我出错，也许甚至在想象中把这种不仁归给神，理不该当，但是难保没有一个既神通广大又狡猾欺诈的恶魔，用尽他的巧技聪明来蒙骗我，假使真有这样的恶魔，说不定我所见的一切事物不过是错觉，恶魔就利用这种错觉当做陷阱来骗取我的轻信。
