Hi-Fi (High-Fidelity) 测序
Hi-Fi 测序是由PacBio(Pacific Biosciences)开发的高保真长读长测序技术,基于SMRT(Single Molecule Real-Time)测序平台。
Hi-C (High-throughput Chromosome Conformation Capture)
Hi-C是一种用于研究染色体三维结构的技术,能够捕获基因组中不同区域的物理接触信息,帮助绘制染色体折叠结构和基因组架构。
1、Hi-Fi 测序与 Hi-C 技术对比及应用概览
详细解释:
Hi-Fi 测序:提供高准确度的DNA序列数据,主要用于基因组组装、变异检测、转录组分析。它适合用于分析复杂的基因组区域,如重复序列和结构变异,通过长读长技术有效解决基因组组装中的问题。
Hi-C 技术:捕捉染色体三维空间中的相互作用,用于研究基因调控和染色体的高级结构。通过Hi-C数据,可以分析基因与远距离调控元件(如增强子)的物理交互,帮助解释基因调控的空间维度。
详细的数据格式及其类型
1、Hi-Fi 测序数据示例
Hi-Fi 测序主要生成长读长的序列数据,其格式通常为FASTQ格式,包含序列的碱基信息和质量值。每条序列由四行组成:
第一行:以@开头,表示序列的标识符。
第二行:实际的DNA碱基序列(如AGCTTGA...),长度通常较长,可以达到几千到几万碱基(Hi-Fi测序是长读长)。
第三行:以+开头,表示序列的标识符或为空行。
第四行:对应的碱基质量值(质量得分),表示测序的准确度,符号通过ASCII编码表示。
Hi-Fi 数据(FASTQ格式)示例:
2、Hi-C 数据示例
Hi-C 数据提供染色体之间的空间交互信息,通常以交互位点的形式表示。Hi-C 的常见格式有BEDPE和hic文件格式,其中BEDPE是一种简单的文本格式,描述染色体片段的物理交互,而.hic是特定的二进制格式,用于存储压缩后的三维基因组交互数据。
Hi-C 数据(BEDPE格式)示例:
chr1 10000 10500:表示染色体1的一个片段,其位于位置10000到10500。
chr1 50000 50500:表示染色体1的另一个片段,位于位置50000到50500。
500:交互频率,表示两个染色体片段之间的交互强度(数值越大表示交互越频繁)。
Hi-Fi 和 Hi-C 测序在高通量测序技术中的不同应用和研究侧重
生物信息学领域非常广泛,难以一次说尽。我们下次继续更新,一起深入学习生物信息学的内容!
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