Linux环境下的软件安装

软件管理Miniconda

Linux的软件商店—Conda的精华版，最方便快捷的软件下载器，90%以上的软件都能搜到。

将minconda下载到服务器

1. 查看服务器位数
输入命令uname -a

查看服务器位数

miniconda下载

Linux里鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴

下载

安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

如果安装失败，需要从这里重新开始。安装过程中出现的版权信息按回车键跳过。按提示进行安装。

输入Enter开始安装

继续安装

安装成功

激活Conda

输入source ~/.bashrc激活conda。

命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了。如果报错说明没进行激活命令

成功

不成功就将miniconda这个目录删除，然后从“安装miniconda”开始重来！！注意不要删除安装包哈，要不还得浪费时间在下载上。

添加镜像

镜像网站就是主网站的副本，由于conda在国外，国内下载速度比较慢，因此配置镜像会加快下载速度

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

添加镜像

Conda的使用

• 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
  
  查看软件列表
• 安装软件 conda install fastqc -y
-y是yes，意思是安装过程中问题全部回答yes

默认安装最新版本，但有的新版本有bug,如果要指定版本号，输入 conda install fastqc=0.11.7 -y

安装软件

• 确认是否安装成功
  输入fastqc --help，如果出现帮助文档，说明软件安装成功
  
  确认是否成功安装
• 卸载软件 conda remove fastqc -y
  
  卸载软件

Conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

• 查看当前conda有哪些环境 conda info --envs

目前只有一个环境

例如处理转录组数据，要建立一个叫RNAseq的coonda环境，指定Python版本为3，安装fastqc, trimmomatic
conda create -n RNAseq python=3 fastqc trimmomatic -y

创建新环境

• 再次查看环境，发现多了一个RNAseq。但默认的还是base。因此需要激活新的conda环境
  

  再次查看环境

• 激活新环境conda activate rna-seq
  默认的*转到了rna-seq前面，用户名root前出现了rna-seq
  

  激活新环境
  
  输入安装的软件fastqc trimmomatic出现帮助信息
  

• 退出当前环境 conda deactivate
  

  退出当前环境