关于10X空间转录组基础分析二三事

作者，追风少年i

周一了，躺平了半年，说实话，躺平感觉是真的不错，😄，不过大家不要学我，人人都躺平，那就真的没啥希望了。

今天继续分享关于10X空间转录组的分析内容，我们来深入思考一下关于空间转录组的质控分析内容，单细胞而言，质控涉及到具体的指标包括线粒体、红细胞、双细胞、还有一些基因和UMI的相关性分析，去除异常值，等等等等，具体的大家可以参考我之前的文章10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之细胞过滤那些事，今天我们要讨论一下关于空间转录组的质控分析。

第一个，fraction of hemoglobin genes

这个视情况而定，一般我们做空间转录组不可避免的包括了血管的组织，甚至于取样的时候样本处理等等因素，导致了红细胞的污染，一般来讲不会影响下游分析，但是为了排除这些spot对于真实组织部位聚类的干扰，有时候会去除这些spot，红细胞基因的挑选方法是(’^Hb[ab]-’)，阈值通常取1%。

第二个，fraction of mitochondrial genes

在单细胞分析中，线粒体高的细胞代表细胞质量差，但是空间spot线粒体基因比例高，分为两种情况，一种是局部能量消耗比较多，这种情况代表组织真实的生物学状态；另外一种就是局部细胞坏死，这种情况就需要去除。怎么判定？？很简单，HE染色切片直接就可以看出来。不懂的童靴可以了解一下HE染色切片的原理。

第三个，对过低基因/UMI表达的spot的去除

这种情况其实是为了去除没有细胞覆盖的spot，Spots with total UMI count of under four standard deviations from UMI count mean across all spots, calculated for each slide individually, were further filtered out。

第四个，边界spot，如下图

图片.png

圈出来的spot明显是组织边界，spot内部并不包含完整的信息，这个时候怎么办？？
spots localized at the outer layers of the tissue, manually annotated as spots distanced up to 2 spots from tissue edges, were removed from analysis（当然这个选择距离一个spot的距离也可以），为的就是体现真正的信息，尤其在单细胞空间联合分析的时候，这种spot会产生极大的干扰。

空间的纤维化特征

这部分其实就是组织结构分析，组织纤维化的作用一方面是为了构建组织结构，保持一定的硬度，另一方面组织纤维化是为了引导细胞的移动，是组织有序性的一个体现。the fibrogenic signature of each spot was calculated by the fraction of the collagen genes (‘^Col[1-9]’) in each spot。

组织界面分析

无论是肿瘤还是正常组织都会存在界面，这个界面起到了“开关”的作用，界面的两边无论是细胞组成、基因表达还是通路都会发生明显的变化，谁在开关处起到了关键的作用，正是空间组织分析的一个研究重点。