天下接近统一了，但唐王朝的最高层权力斗争却愈演愈烈。
关于太子集团与秦王集团的斗争，历史上的记录很含糊，而且很倾向于李世民一边。先是“太子谋反案”。这个谋反事件很奇怪，李建成的部下谋反，意图杀死李渊。最开始李渊非常愤怒，冷静后也觉得其中有问题，李建成这个时候已经是太子，而李渊是太子最大的支持力量，李建成没有理由冒出巨大的风险除去自己的靠山。虽然历史记录没有最终交待清楚此事，但很有可能来自李世民集团的谋划。
还有就是李建成与李元吉勾连李渊宠妃，经常在李渊面前诋毁李世民，弄得李渊对李世民印象越来越差。
李建成曾经对李世民下毒，让李世民吐血数升，差点丧命。
历史上的这些记录，反映出了李唐最高层，为了皇位的明争暗斗。初唐的历史经过李世民后来的修改，今天的读者已经很难看出其中的真相。但记录一致有一个导向，那就是，李世民发动玄武门之变是不得已而为之，是被迫自卫的正当防卫。
武德九年，突厥入寇，李元吉请缨出征，征调秦王府将领尉迟敬德、秦叔宝、程知节等，以及秦王手下精锐兵士，计划先控制秦王府得力将领，然后一举毒杀李世民，从而控制朝廷大权。
好在李世民安插在太子身边的探子获知了消息，提前透露给了李世民。得知消息后，李世民立即召集长孙无忌、房玄龄、杜如晦、尉迟敬德、张公谨等商议对策，拟定在李建成、李元吉前发动政变，除去二人。
武德九年六月初三，李世民进宫，向李渊密奏李建成、李元吉与后宫嫔妃私通。李渊大惊，下令明日召李建成、李元吉与李世民对质。
六月初四清晨，李建成与李元吉策马入宫，一行人进入玄武门后，宫门在身后徐徐关闭。李建成、李元吉蓦然发现李世民带领秦王府一干人马早已等候在内，个个盔甲锃亮、杀气腾腾。原来，玄武门守将常何是李世民预先埋下的棋子，他打开宫门，带领李世民一等人埋伏在此。建成、元吉二人顿时知道事情有变，转身便逃。可是，玄武门内早已是布置停当，哪里容得二人逃出。李建成还没有跑出多远，李世民“嗖”的一箭，从后背直穿胸而入，李建成跌落马下，挣扎几下，就此气绝。
随后，李元吉也被尉迟敬德射杀。
太子府兵士知道李建成被杀的消息后，立即前往玄武门，与李世民手下厮杀起来。
此时的李渊在做什么呢？他正跟裴寂、陈叔达等在宫内的湖泊内泛舟游览，直到穿着盔甲、身上染着鲜血的尉迟敬德出现在他的面前，向他禀报，太子与齐王谋反，已经被秦王李世民带兵诛杀。秦王担心皇帝的安全，特地派他来护驾。
尉迟敬德的禀报如同晴天霹雳，震得李渊一阵眩晕，几欲昏死过去。
