多数研究者认为，与非留守儿童相比，留守儿童存在心理问题的比例要更高，或诱发因素更为明显。
李东斌等在江西的调查显示，留守儿童在躯体化、强迫、焦虑、敌对、恐怖、精神病性这六个因子的得分上高于国内中学生常模；
郭文姣等在湖南祁阳的调查显示，留守初中生与非留守初中生在心理健康水平上存在显著差异，留守初中生出现更多的孤独倾向、自责倾向和躯体症状；
李盛林等在江西抚州的研究结果表明，部分留守儿童存在着：
学习动机低，学习成绩差，情绪问题突出，逆反心理较强，同伴关系不良，人际关系敏感等方面的问题。
也有部分学者持相反的观点，认为相对于非留守儿童，留守儿童并不存在显著的心理问题差异。
贺小华的调查结果显示，留守儿童除了学习焦虑分值高于标准以外，其他的7个量表的平均分都在正常范围之内。
徐为民等的研究显示，农村留守儿童行为问题检出率为41.3%，非留守儿童的为36.6%，虽然二者存在差异，但均高于全国常模12.97%，说明农村非留守儿童同样存在心理问题，留守并非是产生这一问题的主要原因。
对于过往研究结果呈现出不一致甚至矛盾的特征，有学者提出，或许是由于多数研究所采取的随机抽样的弊端（不具有代表性）、评估留守儿童心理健康水平的工具不统一以及留守儿童的年龄定义不统一等原因。[9]
这体现了尽管以往学者关于留守儿童的心理健康问题积累了大量理论及实证工作，但仍留有不少空白。
