进入主题之前，记录一下此刻心情。今天是第一次写简书，没有接触过markdown语法。摸索了一上午，终于有点头绪，感慨万千。
对于Miniconda及Bioconda的使用，我还没有将其官网内容及使用手册全部阅读，现就将个人零碎的学习和理解记录下来。
1. 什么是Miniconda
Miniconda是一个包和环境管理工具。 相当于同时整合pip和virtualenv的功能。Miniconda可在官网上下载。安装好miniconda后，已具备利用conda去安装软件和包的虚拟环境。
Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换, 最初安装Python 包，目前已经扩展至许多软件的安装。
2. linux环境安装miniconda步骤：
1). wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2). bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -p $HOME/minoconda3
-b: 自动安装模式
-p: 软件安装到何处
$HOME 路径可以通过echo $HOME来查看
3). echo "export PATH=$PREFIX/bin:"'$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
当安装完miniconda之后，即完成了conda安装。之后可添加清华源镜像，提高下载速度，利用conda config配置环境。
3. 学习conda安装软件的心得体会：
- 安装好miniconda之后，相当于创建了一个虚拟环境
- 可以利用conda install packages/software 来进行包或者软件安装
- 还可以创建新的虚拟环境，conda create -n 虚拟环境的名字 python=2.7or3.6，不写的话，创建在当前默认的python环境下。
- 利用conda install -n 创建的新虚拟环境的名字 software_or_packages的名字，此时软件安装在新的虚拟环境bin目录下
利用conda list进行查看软件或者包是否安装。如果安装在新的虚拟环境下，是可以找到此软件已经安装，而在默认的虚拟环境路径下是没有此安装软件的 - 利用conda env list 可查看当前创建了哪些虚拟环境
- source activate 虚拟环境的名字，表明激活该虚拟环境
source deactivate 虚拟环境的名字， 表明关闭该虚拟环境 - conda search用于查看可用软件或者包
- conda info --envs 用于查看活跃的环境；输入之后带*的就是目前的环境
- 还可以conda install package1 package2 .... 同时安装两个以上的包或软件
4 安装软件时报错的解决方案：
如果利用conda install package 安装软件出现下述报错信息：
解决方法是：把家目录下的镜像设置.condarc删去，然后按照bioconda网站（http://bioconda.github.io/）的要求重新设置conda config。
以上是我学习安装miniconda及利用conda安装软件的笔记记录。自我感觉写得还不够条理及简明，今后继续努力。
