这次我们还是继续重复下面这篇Cell文章中的散点图（火山图），这次采用R语言来实现。同时，这里面包含一些画图的知识点！

image

读入差异基因分析的文件，并加载ggplot2。

setwd("E:/生物信息学")
library(ggplot2)
A <- read.csv("A.csv",header = T)

文件中包含log2FC，-log10（Pval），还有对基因的注释：

image

以log2FC为横轴，-log10（Pval）为纵轴画散点图：

#ggplot2画散点图
ggplot(data=A, aes(x=avg_log2FC, y=P)) + geom_point()

image

这个图是远远不够的，要对其坐标轴进行修饰。

ggplot(data=A, aes(x=avg_log2FC, y=P)) + geom_point()+
  theme(panel.background =element_blank())+
  theme(axis.line=element_line(colour="black", size = 0.5))+
  labs(y="-log10(Padj)", x = "Log2FC")

image

这样图的基本雏形就出来了，接着需要做的就是将不同功能的基因用不同的颜色的点标记出来。

A$pathway <- factor(A$pathway)
ggplot(data=A, aes(x=avg_log2FC, y=P,color=pathway)) + geom_point()+
  theme(panel.background =element_blank())+
  theme(axis.line=element_line(colour="black", size = 0.5))+
  labs(y="-log10(Padj)", x = "Log2FC")

image

颜色是标记不同了，但是比较乱，所以自定义一下：

ggplot(data=A, aes(x=avg_log2FC, y=P,color=pathway)) + geom_point()+
  theme(panel.background =element_blank())+
  theme(axis.line=element_line(colour="black", size = 0.5))+
  labs(y="-log10(Padj)", x = "Log2FC")+
  scale_colour_manual(name ="other", values =c("grey","orange","red","purple","green"))

image

这样就完成了，与Cell文章的图可以说是一模一样。但是还缺乏点东西，我需要在图上添加文字，表明左侧是对照组，右侧是实验组（知识点：ggplot2画图在任意位置添加自定义文本）。这字可不是P上去的！

image

ggplot(data=A, aes(x=avg_log2FC, y=P,color=pathway)) + geom_point()+
  theme(panel.background =element_blank())+
  theme(axis.line=element_line(colour="black", size = 0.5))+
  labs(y="-log10(Padj)", x = "Log2FC")+
  scale_colour_manual(name ="other", values =c("grey","orange","red","purple","green"))+
  annotate("text", label = "Control", x = -0.5, y = 32)+
  annotate("text", label = "Tset", x = 1.5, y = 30)

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至此，以两种方法完美的复刻了Cell文章的图。回到本质，这个图还是很有用的，即表现出了差异基因，也表现出了不同差异基因的类型或者功能！