HE染色
又称苏木素-伊红染色法，其中苏木素是Hematoxylin，简称H，伊红是Eosin，简称E，这是是普通光学显微镜观察与鉴别细胞凋亡与细胞坏死的一种染色方法。
这种方法适用范围广泛，对组织细胞的各种成分都可着色，便于全面观察组织构造，而且适用于各种固定液固定的材料，染色后不易褪色可长期保存。经过HE染色，细胞核被苏木素染成蓝紫色，细胞质被伊红染色呈粉红色。
苏木素是碱性染料，蓝紫色，可以使细胞核等着色。被苏木素着色的结构本身为酸性，具有嗜碱性(Basophilic)。
伊红是酸性染料，粉红色。可以将大多数细胞的细胞质染成红色。被伊红着色的结构本身为碱性，具有嗜酸性(Acidophilic)。不易被苏木素和伊红着色的结构具有嗜中性(Neutrophilic)。
MASSON染色
Masson染色是最为常用的结缔组织染色法，主要用于胶原纤维和肌纤维的鉴别染色。对酒精性肝硬化/坏死后性肝硬化及各型肝炎导致的小叶汇管区纤维组织增生程度的差别和肾脏疾病的病理诊断具有重要价值。
利用两种或三种阴离子染料混合一起或先后作用完成染色，与阴离子染料分子大小和组织的渗透性有关。根据组织不同的渗透性能，选择分子大小不同的阴离子的染料进行染色，便可把不同组织成份显示出来。
油红O脂肪染色法
显示组织内的脂肪，油红O为脂溶性染料,在脂肪内能高度溶解,可特异性的使组织内甘油三酯等中性脂肪着色。
天狼星红染色
由于胶原呈碱性，与酸性染料起强烈反应。天狼星红就是一种很强的酸性染料，它可以和胶原纤维反应使胶原纤维产生明显的双折光现象。天狼星红染色胶原纤维呈红色，胞核呈绿色，余呈黄色。偏光显微镜可以分辨不同的纤维类型。
尼氏染色
在神经元细胞体中细胞质是尼氏颗粒，即能够代表粗面内质网并在很多神经元中产生特异的斑点状嗜碱性表现的嗜碱性颗粒。
尼氏体的数量会随着生理状态的变化而变化，因此常用一些碱性染料如硫堇、亚甲蓝、甲苯胺蓝和焦油紫等染料染成紫蓝色以观察细胞变化。
LFB染色
劳克坚牢蓝(LuxolFastBlue,LFB)属于铜－酞箐染料，在酒精溶液中具有与髓鞘磷脂结合的染色特性。应用LFB髓鞘染色可以很好地显示出神经组织的髓鞘结构。
免疫组分染色
免疫组化是利用抗原与抗体特异性结合的原理，通过化学反应使标记抗体的显色剂(荧光素、酶、金属离子、同位素) 显色来确定组织细胞内抗原(多肽和蛋白质)，对其进行定位、定性及定量的研究。
