1月3日，肥后藩士池部宗右卫门、樱田惣四郎、新选组等劝告伏见退阵。

　　同日鸟羽伏见之战爆发，新选组在伏见市中战斗，幕军破退至淀方向。

　　当天小旗三郎从潜入中的萨摩藩邸脱出，与会津炮兵队汇合。

　　4日新选组抵达淀城下。

　　5日在千两附近的战斗中，井上源三郎等10多名战死，甚至连桥本都撤退了。

　　6日，桥本之战失败后退却大阪，新选组在八轩屋的京屋忠兵卫方投宿。

　　7日新选组进入大阪城，因火灾返回京屋。

　　8日在新选组木津川口的碇泊船上住宿。这被认为是负伤队员的一行。

　　9日永仓等可动队员乘坐顺道丸从天保山海上起航。

　　10日近藤、土方以及负伤队员乘船的富士山丸出航，在兵库海域碇泊。

　　11日从富士山丸、兵库海域起航，在纪州由良港碇泊。

　　同一天，队员小田数马在大阪天满桥下被斩杀，在桥上被猫头鹰斩首。

　　12日从富士山丸由良起航。

　　同日顺动丸，品川入港。下船的队员在釜屋宿营。

　　13日近藤被命令登城。

　　14日，富士山丸入港横滨，受伤者被收容在医院。

　　15日，富士山丸抵达品川。近藤冲田前往和泉桥医学所。土方也是同道。

　　当天，岛田魁作为横滨的住院费用，领取了100两看护人员。

　　16日近藤、土方登上江户城。在城中，佐仓藩士依田学海询问了关于鸟羽伏见之战的事情，土方说已经不是刀枪的时代了。

　　18日与佐藤彦五郎、粕屋良顺、近藤面谈，询问新选组的动向。

　　当天从土方、会津藩收到2000两。

　　同日，釜屋宿阵营的队员将得到津贴。

　　19日，斋藤在医学所接受治疗。

　　20日，铁冶桥门外的秋月右京亮元役所作为新选组的屯所被准备。

　　22日，幕府向会津藩兵和新选组的伤员赠送慰问品。

　　23日搬去釜屋的队员秋月邸。

　　26日，27名负伤队员进入医学所。

　　同日，横滨的队员将得到津贴。

　　27日，大町纲太郎等28名伤员被转移到医学馆。

　　当天将向横滨的队员发放补贴。

　　28日，除了住院队员以外的秋月宅邸转移结束。

　　近藤当天前往横滨医院。

　　同日，长州藩兵接收了新选组遗弃在东本愿寺的武器。

　　2月1日，岸岛芳太郎、尾关雅次郎到访横滨，向负伤队员传达了转移到和泉桥医学所的消息。

　　2日伤员从横滨起航，在品川停留。

　　3日伤员进入医学所。

　　同日新选组从幕府那里领取300两

　　同一天新选组购买了5支元枪。

　　7日近藤，为了治疗前往横滨。

　　10日，近藤在尾关的迎接下从横滨出发。

　　12日近藤登城。被命令保护德川庆喜。

　　13日，庆喜在上野宽永寺开始了禁闭生活。

　　当天，埋葬在京都光缘寺的伊东等人的遗骸，被同志改葬在戒光寺墓地。

　　15日新选组开始保护庆喜。

　　当天将向住院的伤员发放补贴。

　　17日，3名队员出发前往甲州。

　　25日庆喜的警卫结束。

　　当天近藤前往金地院给养父周助扫墓。

　　27日大石锹次郎前往甲府。

　　同一天，从幕府那里收到了2400多个从甲州出征的军费。

　　同一天松本良顺支付了100辆伤员的治疗费。

　　28日新选组被命令安抚甲州，并向队员支付出征补贴。

　　29日，会津藩和松本良顺接受了4200两军费。

　　3月1日新选组，加上浅草的弹左卫门的属下，作为甲阳镇抚队从江户出发。近藤自称大久保刚，土方则自称内藤隼人。内藤新宿宿阵。

　　2日在日野的佐藤家休息，佐藤彦五郎率领的春日队在这里汇合。八王子和宿阵。

　　3日与濑宿阵。

　　4日在驹饲投宿，探索新政府军的动向。先出发的大石锹次郎，从甲州方向返回汇合。

　　当天，新政府东山道军进入甲府。

　　5日在胜沼布阵，根据地理向导的结城有无之助、近藤的命令，向村里的名主发出传阅信。土方为了求援前往江户。

　　6日早晨，土方乘着两顶早轿通过了日野宿。

　　同日柏尾开始战斗。甲阳镇抚队、新选组队员加贺爪胜之进和上原荣作战死，向江户逃亡。

　　7日队士桑原某，访问小岛家。

　　8日早上，土方乘着两顶早轿子从江户通过了日野宿。

　　同一天，甲阳镇抚队败走到八王子，在同一地点与近藤、人见胜太郎相遇，土方也汇合

　　9日夜，甲阳镇抚队通过日野。

　　10日，甲阳镇抚队返回江户。

　　11日左右，永仓新八、原田左之助等人与新选组诀别，组成靖共队。

　　12日左右，以伤队士等20多名，久米部正亲为长，率先前往会津。

　　13日晚，新选组48名队员到访五兵卫新田的金子健十郎家住宿。

　　14日近藤和10名队员一起来到金子家。

　　15日，土方和4名队员一起到达金子家。

　　16日队士3名，金子家着。之后，到25日为止连续几天有队员来访，总计169人。

　　当天访问了胜海舟属下的军事方松浪权之丞、金子家。

　　17日同样访问吉泽大助、金子家。

　　18日，队员乘坐屋形船到今户出差。

　　19日访问会津藩士兼川直记、金子家。

　　24日，松本良顺带着请求关东郡代佐々井半十郎五兵卫新田潜伏的信件访问了金子家。

　　27日访问会津藩士数人金子家。

　　29日，佐々井向近藤、佐々井半十郎发送了通知流山迁移的信，佐々井再次发出请求五兵卫新田继续潜伏的回信。

　　4月2日，新选组将转战流山。共227名。

　　3日，流山的阵屋被新政府军包围，近藤决定投降。被允许与近藤、野村利三郎、村上三郎同道，被带到越谷。

　　当天，土方和相马主计2名潜入江户。

　　4日近藤被带到板桥的新政府军本营。

　　同一天，流山的新选组解除武装前往会津。

　　当天，土方与胜海舟面谈，企图帮助近藤。

　　当天，岛田魁深夜潜入江户。现在在门上和土方汇合。之后一直潜伏在江户市内。

　　5日，相马主计将胜的信带到板桥总督府，没收后被逮捕。

　　10日在土方以下搬到今户。

　　11日将被移交给江户城的新政府军。

　　当天，土方与岛田魁、汉一郎、中岛登、畠山芳次郎、泽忠助、松泽乙三一起加入鸿之台的旧幕脱逃军，被选为前军参谋。

　　12日，土方与会津藩士秋月登之助一起率领前军进军，并在小金上陆。

　　13日前军布施宿阵。

　　同一天，天然理心流门人福田平马拜访胜海舟，请求近藤的帮助。

　　14日，大鸟圭介率领的后军·山崎将投宿。原田左之助离开靖共队前往江户。

　　15日前军在水海道住宿。

　　16日前军在宗道宿营，向下妻藩派遣岛田魁等4名合兵的使者，让10名藩士从军。

　　17日，土方出征下馆藩，向其提供军粮。

　　18日前军，蓼沼宿阵。

　　19日前军成功攻占宇都宫城。土方在这场战斗中，斩杀了威胁想要逃走的随从。

　　20日后，从鹿沼方向转入宇都宫，与前军汇合，进入宇都宫城。

　　21日，旧幕军召开了攻击壬生城的军事会议。

　　22日旧幕军参加壬生城攻击，在安冢战斗败走。土方的参战情况不明。

　　23日土方，在新政府军夺回宇都宫城之战中，脚趾负伤，和负伤的秋月登之助一起被护送至今市。傍晚，旧幕军败北，放弃宇都宫城。

　　24日，土方命中岛登叫来在日光工作的土方勇太郎，委托他建立斩杀的随从者的墓碑。正午左右，土方和秋月一行出发前往会津。

　　25日近藤在板桥被斩首，三日笑。

　　当天从流山逃出的新选组本队，在赤津宿阵。

　　26日土方一行抵达田岛阵屋。

　　28日，在板桥晒过的近藤的首级被送往京都，并发掘宫川勇五郎等无头遗体。

　　29日宫川勇五郎等将近藤的遗体埋葬在菩提寺的龙源寺。

　　当天，土方一行在田岛阵屋与秋月分别，投宿会津城下七日町的清水屋，与流山逃出的新选组本阵汇合。

　　闰4月5日，以山口二郎、斋藤一为队长的新选组，在白河方面出差时谒见了容保。

　　6日新选组，若松出征，在赤津宿阵。

　　7日新选组将转为三代。

　　同一天近藤的首级，京都到达。

　　8日在近藤的首级三条河原晒到10日早上。

　　21日新选组在白河城出征。

　　22日在城下住宿。

　　23日，新选组将防守白坂关门。

　　25日新政府军的白河攻击菊地央战死。御陵卫士派来的萨摩军侦察兵竹川直枝即清原清也战死。

　　29日新选组将代替仙台兵在白坂关门的防守，在白河的本阵柳屋停战。

　　5月1日，新选组在黑川应战新政府军的白河攻击。伊藤铁五郎战死，败走至势至堂。

　　2日从势至堂转为三代。

　　6日前队士矢田贤之助，作为靖共队士战死在今市之战中。

　　15日上野战争爆发，加上离开靖共队的原田左之助、彰义队而受伤。

　　17日原田在神保山城守邸死亡。

　　26日，新选组在白河夺回战中败逃到上小屋。

　　27日，新选组与会津游击队合在一起，从大谷地向白河口进击，但败北，败走到卷之内。在同一场所休息几天。岛田，因为受伤，去了福良医院。

　　30日，冲田总司在疗养地千驮谷病死。

　　6月6日，新选组从福良出发前往大平口，在羽太停战。

　　12日，新选组为了夺回白河而向大熊川出击，结果败走到羽太。

　　15日在土方若松城会见觉王院义观。

　　7月1日新选组从羽太出征，攻入天神山，但败给了羽鸟，不久便转移到了福良。

　　6日，土方出差到福良，拜访了近藤芳助，命令他出征町守屋。

　　7日新选组在长沼休阵。

　　29日，新选组与会津军、旧幕伝习队一起组织郡山迁移的人马。

　　8月1日，在二本松藩的恭顺下，土方与秋月登之助一起率领新选组、传习第一营回天队，撤回到三代、中地、船津停战。

　　5日，被新政府军捕获的相马主计与陆军部队汇合，从轮王寺宫降下金子。

　　17日，被称为靖共队的松本喜次郎，在第三代时死亡，作为新选组队员被埋葬。

　　18日，新选组为了二本松方面的出征，从湖南移动到猪苗代城下进行了住宿。

　　19日，新选组与会津军、旧幕诸队一起出征母成峠。

　　同日从榎本舰队品川海域起航。

　　21日母亲成峠之战失败，加藤定吉、汉一郎、木下严、小堀诚一郎、铃木练三郎、干田兵卫战死，败给猪苗代。

　　当天晚上，土方向湖南方面的会津军发送了请求猪苗代进击的信。

　　22日土方踏上泷泽本阵迎击新政府军。另外，新选组在天宁寺败北，成为宿阵。

　　23日，土方为了寻找援军，大盐淋漓，委托大鸟圭介组成新选组前往米泽。

　　同一天，新选组将在盐川住宿。

　　25日土方抵达米泽。

　　27日抵达旧幕海军旗舰开阳丸仙台湾东名浜。旧幕海军的6艘舰艇从24日开始，于下月5日在仙台湾集结。

　9月1日，原御陵卫士佐原太郎在京都下寺町死亡。

　　3日，土方和榎本武扬一起出席了仙台城奥羽列藩同盟的军议，榎本推举其就任总督。

　　5日在会津停留的斋藤一等新选组20余人，在高久村如来堂守备中被攻击，处于毁灭状态。虽然被认为是全灭，但除了斋藤之外，志村武藏等人的生存也被确认。

　　8日改为明治。

　　9日新选组及旧幕陆军小田付出发前往白石，在土汤住宿。

　　11日新选组及旧幕陆军，从土汤前往乌渡的宿驿阵。

　　12日经由福岛在桑折住宿。

　　当天，榎本·土方与登城后掌握仙台藩主导权的恭顺派进行了面谈，但最终决裂。

　　13日得知新选组及旧幕陆军、旧幕海军抵达后决定前往仙台。

　　14日在新选组及旧幕陆军、白石城下榻。

　　17日，为了与17名桑名藩队的松平定敬的虾夷渡海同行，加入了新选组。

　　19日旧幕陆海军从仙台移动到木舟。

　　20日迁到旧幕军松岛。

　　同一天左右，为了与松山、唐津两藩士、板仓胜静、小笠原长行的渡海同行，加入了新选组。

　　当天土方在便面亭与旧幕臣杉浦清介面谈。

　　22日会津藩投降。

　　10月4日会津如来堂逃脱的久米部正亲、吉田俊太郎、池田七五三之助、河合铁五郎等，在铫子里被高崎藩兵抓住。

　　9日，旧幕军前往折之滨，土方指挥物资运输。

　　10日与新选组、传授士官队等一起乘船到大江丸。

　　11日新选组入住大江丸舰内。

　　12日旧幕舰队7舰向虾夷开船。

　　13日进入旧幕舰队南部宫古湾，补给军粮、薪水。

　　17日从宫古湾起航。

　　19日旧幕舰队将依次在鹫之木海域集结。

　　20日，旧幕军的先锋鹫之木浜登陆。

　　21日本队开始登陆。

　　22日，新选组在大鸟圭介的指挥下，经由山巅，沿着本道向五棱郭进发。土方率额兵陆军从川汲峠向五棱郭走去。

　　23日，旧幕军的先锋在岭下受到新政府军的攻击，在大鸟军的帮助下打败。同日土方军，鹿部宿阵。

　　24日在七重村之战中，三好胖、小久保清吉等人战死。

　　同一天，土方军在川汲温泉场进行了小战。

　　25日新选组转移到大野停战。

　　当天土方军抵达汤之川。

　　26日大鸟·土方两军进入五棱郭。

　　28日，以土方为总督的松前攻略军出征。

　　30日被任命为新选组、市中取缔人员，以箱馆市中的称名寺为本阵。

　　11月1日新选组开始市内巡查。

　　同一天土方军在尻内小战后投宿。

　　5日，土方军攻克松前城，在城下住宿。

　　6日在土方军、松前城内和城下停战。

　　11日土方军向江差出征。

　　13日土方军击退了大瀑布的敌人。

　　14日，福山入港。

　　15日开阳丸从海上攻击江差，进入土方军先锋江差。

　　夜开阳丸搁浅救援的神速丸也搁浅了。

　　16日土方在江差上阵。

　　17日，经由两股口的一联队向熊石发起进攻。

　　18日，土方军留下守备兵回到松前。

　　29日新选组接到松前出征的命令，但中止。

　　12月5日新选组，将其塞进五棱郭。

　　15日，土方军从松前凯旋到箱馆，庆祝虾夷地平定，邀请各国领事举行庆祝宴会。这天，通过士官以上的投票选出箱馆政府阁僚，榎本、陆军奉行等土方就任总督，关于选举实施日也有22日、28日的记录。

　　29日，土方与从青森起航的桑名藩家老酒井孙八郎进行面谈。