背景：在linux系统上使用docker创建镜像，使用容器。
在日常的生信分析过程中，环境的配置往往比数据分析本身还令人头疼。conda的使用方便了R和python包的下载，但它也仅仅是一个包的管理软件。有没有一种方法可以完全复刻别人服务器上所有的环境，包括所有已下载的R、python包、.bashrc配置以及常用的生信软件（R软件、python软件、fastp软件等），甚至包括别人所创建的所有conda环境，实现服务器上所有东西的复刻呢？
docker就能实现这样的需求，docker的主机服务器用于存储用户们创建的镜像，而镜像就是配置好的服务器环境。
对于一个镜像来说，复刻是成百上千次的，每次复刻就是创建一个容器，容器就是复刻镜像的载体。
这里基于我自己的需求记录docker的使用。我要想使用的是宏基因组的差异分析lefse，然而由于水平有限，这个软件的conda和其他方法我都配置不好，于是准备复刻别人配置好的整体环境。
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docker search
docker search命令用于搜索镜像。例如搜索lefse的镜像docker search lefse：
lefse.png
可以看到这里有好几个镜像，NAME是它们完整的名字，然而第一个镜像一看就比其他镜像更加专业，其次看STARS，第一个镜像有4个“点赞收藏”，所以我选择第一个镜像使用。 docker pull
docker pull命令用于下载镜像。例如下载lefse镜像docker pull biobakery/lefse。注意，这里要使用上一步搜索出来的完整镜像名字。-
docker images
docker images直接使用，可以查看下载到主机的所有镜像。
images.png -
docker run
上图中第一列是镜像名字，第二列是标签名字，第三列是镜像ID，第四列是下载日期，第五列是镜像大小。
启动容器的命令是docker run -it 镜像名字/镜像ID。
这里有很多探索的地方，作为初学者随便试了一下（基于我自己的理解）。
首先使用镜像名字启动（复刻）镜像，启动完镜像的环境被称为一个容器。
run.png
启动完成后，可以看到仿佛进入了一个陌生人的服务器。其中用户名由我自己变成了叫作linuxbrew的，其次可以看到这个终端显示没有了颜色，基于conda安装与使用-miniconda管理R与Python环境-soft02 - 简书 更改这里的.bashrc，再source .bashrc，发现终端的显示方式已被更改。
仔细看看这个终端显示的日期，发现是早上8点过，而现在是北京时间下午6点过，结合微薄的地理知识可以推测这个服务器应该是在西方。
言归正传，我是准备做lefse的，那么我登录到这个服务器上有没有lefse呢？
检测一下，使用lefse命令：
可以看到没有
lefse，这是因为什么呢？debug发现因为我函数用错了。
好了，环境应该没有什么问题，直接使用别人的服务器配置就可以什么都不做，接下来只需要导入数据。
ll发现目前home目录下是空空如也，那么如何将原来主机中的数据导入或者连接到这台虚拟服务器上呢？
- docker run -it -v
-v参数能够实现主机到虚拟机的数据连接，这里我将我的数据连接到虚拟容器中。
在虚拟容器中pwd，得到这个虚拟容器的地址：
pwd.png
而我的数据地址则是在原本的主机中pwd：
pwd.png
使用-v参数将两者链接：
usage:-v 原始主机中的数据地址:虚拟容器中的数据地址
docker run -it -v /mnt/home/yanyt/02.workflow/03.metagenomics_yyt01/02.test:/home/linuxbrew/share biobakery/lefse
注意，这样是重新打开了一个容器，也就是又进入了一个新的虚拟容器中：
可以看到新的服务器它这个.bashrc没有更改，所以终端显示没有颜色，在home目录中出现了一个新的文件夹share,进入此文件夹ll，可以看到我原本主机中的数据全部到了这个地方。
那么环境和数据都有了，就可以具体lefse分析了。
文件没有权限，这是因为对于虚拟容器来讲，他是一个外人（很外的人），所以需要回到主机，将权限打开，我直接设置为777，所有人都能访问并修改我的文件夹：
回到虚拟容器，发现文件夹权限变成了777，这说明主机上对数据做的修改，会直接作用到虚拟容器中：
继续运行
lefse命令：
命令没有问题，可以直接使用，且这里对文件做了修改，回到主机，发现主机上的文件也直接被修改，这说明虚拟机和主机之间的操作是一致的，所以要格外小心，避免误操作。
那么所有的分析完成以后，如何处理docker容器呢？
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docker ps
使用docker ps命令可以查看所有正在运行的容器：
ps.png -
exit
直接在虚拟容器中输入exit并回车，就可以直接退出容器，注意，此时容器将直接被删除。
在第一个容器中试验exit并回车，回到主机使用docker ps命令发现已经没有了第一个容器：
exit.png -
ctr P+ctr Q
使用ctr P+ctr Q可以从虚拟容器返回到主机页面，但此时容器仍然存在，还可以再次进入。
在第二个容器中使用ctr P+ctr Q回到主机，使用docker ps发现容器仍然存在：
P_Q
由于这个容器我要反复使用，所以暂时不将它删除，以后每次使用lefse我将重启它。 docker start
docker start 容器名字将重启并进入一个虚拟容器。docker run -it -d
-d参数实现后台运行容器，界面仍然停留在主机不进入容器。docker attach 容器名字将进入一个在后台运行的容器。docker stop/kill
使用ctr P+ctr Q退出容器时，容器并未被删除，还可以再次进入。而退出后使用docker stop/kill 容器名字，将永久删除容器，下次再使用的话就得重新运行docker run -it 容器名字，且登陆上去将是空空如也的新虚拟容器。
总结：docker的使用浅探究到这里，那么之后只要有现成的docker镜像，就“懒得”再配置环境。反之，如果厉害可以自己配置镜像给别人使用。
