发简信
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整理一些常见分析的代码 小提琴图/热图/umap图等
这些代码都是2021年从华大学习的 仅供参考 01.vlnplot+p值显著性 02.Seurat中默认的heatmap热图 03.seurat...
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数据量G与FASTQ文件的行数之间的关系
假设需要截取X G的数据，那么需要的FASTQ行数YRead*150*2*10^9=XReads=(X*109)/3*10(-2)Y=(X*10...
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非模式物种的GO和KEGG富集对不能直接使用clusterprofiler包中的数据库进行KEGG和GO富集的物种进行分析。 1.从基因组fasta文件中提取CDS序列 基于...
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ATAC-bulk rna的染色质可及性分析流程
00.背景 基于常规转录组（bulk rna）的数据进行染色质可及性（ATAC）的常规分析流程。代码仅供参考。 01.质控 和别的组学一样，拿到...
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使用read.table读取数据行数少于read.csv
非常坑的地方， 一堆分析做完了，发现第一步数据的行数对不上，检查后发现使用read.csv能够得到准确的行数，而使用read.table得到的行...
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Error in hclust(d, method = method)：外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)
记录一个小bug：使用pheatmap绘制热图时，使用scale参数总报错： 只需要删除原始数据中标准差为0的行即可： 原因是scale对每行进...
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空转下游之spatialDE分析背景：使用python包spatialDE分析10x v2空转数据。 01.软件介绍 spatialDE用于非线性和非参数地计算依赖于空间位置坐...
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单细胞VDJ分析背景知识背景：单细胞VDJ的背景、原理等。 1.为什么做单细胞VDJ？ 理论上生物体内的基因组DNA是完全相同的，除了肿瘤细胞会发生频繁的DNA突变。因...
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单细胞ATAC分析标准流程（详细版）背景：单细胞ATAC分析流程介绍。 1.为什么做单细胞ATAC分析？ 单细胞转录组分析的是单细胞分辨率上不同细胞之间的转录组（mRNA）差异，由...