生信小白一枚，<br><br>有问题可以私信我，<br><br>谢谢。
发简信
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因为这三个R方法其实是写在同一个脚本里的,sc.list是前两个方法需要用到的，第三个不用，直接删除就好
批次校正-单细胞转录组分析批次效应的校正scRNA-02
背景：2013年到2023年是单细胞转录组分析的第一个十年。批次校正在单细胞转录组分析中至关重要，根据不同样本的基因表达模式可以分析样本与样本之间的生物学差异。然而基因表达模...
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ATAC-bulk rna的染色质可及性分析流程
00.背景 基于常规转录组（bulk rna）的数据进行染色质可及性（ATAC）的常规分析流程。代码仅供参考。 01.质控 和别的组学一样，拿到原始fastq数据的第一步时进...
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使用read.table读取数据行数少于read.csv
非常坑的地方， 一堆分析做完了，发现第一步数据的行数对不上，检查后发现使用read.csv能够得到准确的行数，而使用read.table得到的行数远远少于使用read.csv...
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请问ATAC得到的结果怎么和peaks联系起来呢？是要进行peak calling吗？
第9篇：差异peaks分析——DiffBind
学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异peaks的一致性 评估差异peaks富集的工具 ATAC-...
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Error in hclust(d, method = method)：外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)
记录一个小bug：使用pheatmap绘制热图时，使用scale参数总报错： 只需要删除原始数据中标准差为0的行即可： 原因是scale对每行进行以下处理： 其分母（每行的标...
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空转下游之spatialDE分析背景：使用python包spatialDE分析10x v2空转数据。 01.软件介绍 spatialDE用于非线性和非参数地计算依赖于空间位置坐标的特征基因。 特点：无监督的...
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A comparative atlas of single-cell chromatin accessibility in the human brain发表期刊和时间：Science，13 October 2023Lab：Bing Ren， 实验室正在研究正常和癌症细胞的基因调节机制，与路德维希研究所和加州大学合作密切。摘要...
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单细胞VDJ分析背景知识背景：单细胞VDJ的背景、原理等。 1.为什么做单细胞VDJ？ 理论上生物体内的基因组DNA是完全相同的，除了肿瘤细胞会发生频繁的DNA突变。因此，常规的单细胞研究不用关心D...
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单细胞ATAC分析标准流程（详细版）背景：单细胞ATAC分析流程介绍。 1.为什么做单细胞ATAC分析？ 单细胞转录组分析的是单细胞分辨率上不同细胞之间的转录组（mRNA）差异，由中心法则可以知道，生物发生的过...
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单细胞ATAC分析之上游cellranger-arc分析背景：使用10x的cellranger-arc实现10x单细胞ATAC和单细胞RNA的上游分析。 为什么做单细胞ATAC分析单细胞转录组是单细胞技术中较为常用的方法，它分析的...
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单细胞转录组上游分析-上游分析流程及知识点整理背景：从生信的角度学习单细胞转录组的上游相关流程以及知识点。 10x测序平台 从cellranger的学习开始，cellranger是处理10X测序平台单细胞转录组序列的软件...
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左连接-使用R/python实现两个数据的左连接背景：使用R或者python实现两个数据集的左连接，以此完成部分生信需求。 python实现python是我学的第一门编程语言，pandas是我最早接触的处理数据框的库。首先...
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桑基图可视化-使用R/python绘制桑基图背景：使用R/python绘制桑基图可视化。 使用R绘制桑基图需要下载两个特定版本的包： dplyr v1.0.1[https://cran.r-project.org/sr...
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docker入门使用-linux下的docker入门命令背景：在linux系统上使用docker创建镜像，使用容器。 在日常的生信分析过程中，环境的配置往往比数据分析本身还令人头疼。conda的使用方便了R和python包的下载，...
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作者您好，请问GO功能注释时使用的uniref90_idmapping.pl脚本是哪里的呢
宏基因组测序分析（十）功能注释
eggnog注释 使用在线版 eggnog-mapper 进行 eggnog 数据库注释。 eggnong数据库全称为evolutionary genealogy of ge...
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博主您好我想请教一下：我没有使用-m参数默认是HMMER，但是我使用top打开进程发现还是用的是diamond，这是正常的吗
应该是最好的eggnog-mapper功能注释教程
eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系同源基因，常见的方法就是BLAST+BLAST2GO， 或者...
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博主你好，我想请教一个问题：为什么Salmon比对结果的count中会有小数存在呢？比对上的read数目不应该都是整数吗
快速计算基因表达软件：Salmon
我们常见的转录组表达分析一般都是将reads比对至参考基因组或者转录组上，然后在基因或者转录本水平上定量表达丰度。 但最近在做小RNA分析时却遇到了没有参考基因组注释文件（g...
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基于github使用原生的html/css/js搭建个人网页-web01背景：在不使用服务器的情况下，依托github搭建个人网页。主要使用前端老三套html/css/js。 github托管注册个人github账号并登录，进入主页：image....
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circos安装与使用-circos绘制圈图在linux系统上使用circos绘制圈图。 circos的安装安装是需要管理员权限的，需要添加到sudo组中，我这里我的权限就是sudo：进入软件路径cd 01.softw...