Linux系统安装软件
1、对于生信分析用途而言，利用Conda精简版——miniconda即可完成大多数软件的下载和安装。
最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可。
2、安装和配置miniconda
①查看自己用的Linux系统版本：uname -a
②进入到清华大学开源软件镜像站，搜索Conda——miniconda，选择符合自己系统的最新版本，右键复制下载链接；
③输入下载命令：wget 链接（右键粘贴） ，回车确认；
④安装Miniconda：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（sh是脚本文件/程序的后缀，这里是一个下载器，可以使用tab键自动补齐，安装过程中需要对跳出来的版权信息不断回车确认）
⑤激活Miniconda：source ~/.bashrc（命令行输入conda，出现满屏的信息说明安装成功了）
3、使用miniconda
①添加镜像：
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes # 使用中科大的镜像
②查看当前服务器上安装的所有软件列表：输入 conda list
③安装软件fastqc：输入 conda install fastqc -y（如果要指定版本号，输入conda install fastqc=0.11.7 -y）
④确认fastqc软件是否安装成功：输入 fastqc --help
⑤卸载fastqc软件：输入 conda remove fastqc -y
4、查看、设置当前环境
①conda environment：根据不同项目需求，安装特定版本的软件，互不干扰（类似手机app分身、app多开）；
②查看当前conda有哪些环境：输入 conda info --envs（前面带*的就是默认环境）；
③新建环境：输入conda create -n Rnaseq python=3 fastqc trimmomatic -y（建立一个名叫Rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic）;
④激活新的conda环境：输入conda activate Rnaseq（此时*移到Rnaseq前面，表示默认环境已改为Rnaseq）;
⑤退出当前conda环境：输入conda deactivate 。
