IGV
bam、bw等文件的可视化用IGV或者在线基因组浏览器
所以IGV的作用就是：可视化，类似基因组浏览器！
软件安装
跟其他软件一样，IGV官网有不同版本，如windows、Mac、linux等；根据自己的电脑选择不同版本下载！！！
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IGV需要JAVA环境
因此我们需要先安装一个JAVA，因为JAVA不同大版本之间区别较大，就跟python2和python3一样，版本不同，导致不兼容，因此IGV要求安装JAVA8
IGV正常打开
IGV下载后就可以用，
不用安装。下载后解压。
双击igv.bat文件，即可打开IGV。打开IGV时，会调用windows的cmd面板，就是那个黑黑的框出现，这个不要关，表示正在启动，第一次打开会很慢，需要加载信息，同样打开速度也取决于你的电脑配置~
IGV解压后界面
IGV打不开的原因
原因可能有如下，前两种出现的最多。
- 启动后长时间没反应：有的电脑就是启动慢，依据电脑配置或者有时候网速也可能很慢等原因。
- JAVA安装版本错误：JAVA安装版本错误，在IGV下载的windows压缩文件里，有一个readme.txt，里面有下载JAVA的下载网址。下载后必须默认安装在C盘。如果安装错误，会提示错误框。JAVA也分JRE和JDK等
- 电脑配置低：因为你已经打开了很多内容，那么在可用的内存情况下，IGV默认需要使用4g内存，非储存。内存不够的小伙伴，会出现闪现，即打开后闪一下，然后就关了。更改方法：用txt编辑器（我这里用的notepad++）打开igv.bat，这里需要选择打开方式，否则默认就调用JAVA打开。打开后更改4g为2g，保存，一定要保存，然后在正常双击打开即可。
- 32和64bit电脑不同：软件好像用的不同，不过一般出现这个问题特别不多，目前我只听学员说过，我没解决过。
- 尝试自己解决：自己各种尝试解决。或者培训前联系Amy Cui，我会依据你的电脑的情况来查看并解决的！~
