今日学习主题:linux环境下的软件安装
了解 conda - linux 的应用商店:
下载 miniconda:
- 在清华conda镜像网站找到 miniconda,复制下载链接。
- 登录服务器,用 wget 命令,粘贴下载地址后进行下载。
安装和配置 miniconda:
- 用 bash 命令进行安装,中间的版权信息按 enter 键跳过,同意版权条款。
- 激活:source ~/.bashrc
- 添加镜像:使用清华源镜像。
使用 miniconda 安装、卸载生信软件:(以 fastqc 软件为例)
- 查看软件列表:conda list
- 搜索软件:conda search fastqc
- 安装软件:conda install fastqc -y
- 卸载软件:conda remove fastqc
不同生信实战项目,需要定制分身 conda environment:
- 查看当前 conda 有哪些环境:conda info --envs,其中前面带*的是默认的。
- 创建新的 conda 环境:conda create -n rna-seq python=3 fastqc -y
- 激活新的 conda 环境:conda activate rna-seq,这是默认的*就会转移到新的 conda 环境前面。
- 输入 fastqc,跳出帮助信息,此时说明已经可以使用。