本日重点
（1）R的赋值符号不是等号，而是<-
（2）在Console 控制台输入命令，相当于Linux的命令行
（3）R的代码都是带括号的，括号必须是英文的。
（4）显示工作路径 getwd()
（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。
（6）表格在R语言中改名叫数据框_
（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时，除了百度/谷歌搜索以外，用这个命令查看帮助：?read.table，调出对应的帮助文档，翻到example部分研究一下。（文字来源公众号生信星球）
重要的数据类型：向量和数据框
1、向量
标量和向量的区分
元素：数字或者字符串
根据元素区分标量和向量
标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量
定义变量，也就是“赋值”，赋予变量一个数值，不一定是数字，也可能是字符串，数据框等等。
x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
x
如果连着赋值，后一次的赋值会覆盖前一次
从向量中提取元素
1.根据元素位置
这里的x是刚才赋值的变量名，根据情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4] #排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4] #第2到4个元素
x[-(2:4)] #除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
2.根据值
x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
2、数据框
新建一个示例数据，将示例数据放在工作目录下
读取本地数据，输入以下命令
read.table(file="shilishuju.txt",sep = "\t",header = T)
a<-read.table(file="shilishuju.txt",sep = "\t",header = T)
sep：sep 是函数的形式参数，多数情况下， seq 参数用来指定字符的分隔符号。
不仅用在你所提到的输出，也用在输入，也用在字符串的合并与拆分上。
csv 文件是用逗号分隔的，故而 sep = ","
tsv 文件是用制表符分隔的，故而 sep = "\t"
header:就是所代入excel数据，第一行是否用作列名称。
T=true则excel第一行用于列名称，具体数据从第二行开始
F=false则第一行即为具体数据
设置行名和列名
X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bio"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "shilishuju.txt",sep = " ",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名
数据框的导出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）
变量的提取与保存
这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令
提取元素 X为变量名
- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列
- X[y] #也是第y列
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名#也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）（文字来源公众号生信星球）
save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？
x更改大小写
