太元十四年（公元389年）十二月，后秦主姚苌使其东门将军任瓫诈遣使招秦主苻登前来长安，许开门纳降。苻登大喜，将要前去。征东将军雷恶地将兵在外，闻之，飞马赶来面见苻登，道：“姚苌多诈，不可轻信！”苻登大悟，乃止。
姚苌听闻雷恶地见过苻登，对诸将道：“此羌见登，事不成矣！”然苻登却以雷恶地勇略过人，又是羌人，非我族类，其心必异，暗地里颇为忌惮。雷恶地疑心苻登将害己，不得以降于后秦，姚苌大喜，授雷恶地为镇军将军。
太元十五年（公元390年）夏，四月，秦镇东将军魏揭飞自称冲天王，率氐、胡攻后秦安北将军姚当成于杏城，镇军将军雷恶地复叛而应之，攻镇东将军姚汉得于李润。
后秦主姚苌欲自击之，群臣皆劝道：“陛下不忧离我六十里之苻登，乃忧六百里魏揭飞，何也？”姚苌道：“苻登一时难灭，长安亦非登所能仓促所拔。雷恶地智略非常，若南引魏揭飞，东结董成，得杏城、李润而据之，长安东北非朕有也。”于是亲率精兵一千六百赴之，暗暗埋伏于营外。
魏揭飞、雷恶地有众数万，氐、胡赶来归附者络绎不绝。姚苌每见一军至，则喜不自胜。诸将怪而问之，姚苌道：“魏揭飞等蛊惑同恶，种类甚繁，朕虽克其头脑，余党未易速平。今全伙而至，朕乘胜取之，可一举成擒，无漏网之鱼也。”
魏揭飞等见后秦兵少，全军出动攻之。姚苌坚壁不战，示之以弱，暗遣其子中军将军姚崇率数百骑突出其后。魏揭飞兵大惊失色，全军扰动，姚苌见之，纵兵击之，大败其军，阵斩魏揭飞及其将士万余级。雷恶地走投无路，再次请降，姚苌待之如初，恍若无事。雷恶地自此心服口服，对后秦大臣说道：“我自问智勇双全，足为一时豪杰。比之诸雄，皆应割据一方，呼啸千里。然遇陛下智力超群，我不如也。今日之事，乃我之命也。" 姚苌曾命姚当成于所营之地，每木栅空处则树一木以旌战功。值此战后，已一岁有余，问之，姚当成拍马屁道：“营地太小，陛下功高，实不可负，已广之矣。”姚苌哈哈大笑：“朕自束发成人以来，与敌人战，未尝如此之快，以千余兵破三万之众，营地惟小为奇，岂以大为贵哉！”
镇东将军苟曜据逆万堡，暗结苻登，欲叛后秦。姚苌与苻登战，后将军吴忠出战，败于马头原，被阵斩当场。收众复战。姚硕德对诸将道：“陛下临敌谨慎，每战必欲以计取之。今战既失利，而更逼进贼者，必有缘由。”姚苌闻而对姚硕德道：“苻登用兵迟缓，不识虚实，今轻兵冒进，占据我东，必是苟曜竖子与之连结也。事久成变，其祸难测。朕所以速战者，欲使竖子谋之未就，好之未深， 挫败其事耳。”于是挥兵再进，大败苻登军，苻登退屯于郿县。苻登部将金槌被围，走投无路，献新平城降姚苌，姚苌自将数百骑入金槌营。群下谏之，姚苌道：“金槌既叛苻登，复欲图我，将安所归！且其初降，心自不安，朕复以不信待之，何以御下乎！”姚苌巡视金槌大营，谈笑自若。金槌部下群氐果有异谋，欲害姚苌，金槌呵斥其属，阴谋乃止。
姚苌至阴密攻登，遣使告其太子姚兴道：“苟曜好奸变，将为国害，闻朕北还，必来见你，你可当场拿下，以绝后患。”后苟曜果见姚兴于长安，姚兴遣尹纬责其而诛之。
姚苌大败苻登于安定东，置酒高会，诸将兴起，一时嘴快道：“若值魏武王（姚苌兄姚襄）在世，不令此贼猖獗至今，陛下操劳太过耳。”姚苌笑道：“朕不如亡兄者有四：身长八尺五寸，臂垂过膝，人望而畏之，此一也；率十万之众，与天下争衡，敌望风披靡，此二也；温古知今，坐而论道，驾驭英雄，收罗俊异，此三也；统率大众，履险若夷，上下一心，人尽死力，此四也。朕所以建立功业，策任群贤者，正在于谋算上略胜一筹耳。”群臣大笑，咸称万岁。
后姚苌疾病，以为苻坚为崇。苻登闻之，秣马厉兵，祷告苻坚神像道：“族孙苻登自受大任， 执戈征战，几将一纪，未尝不是上天护祐，皇鉴垂矜，所在必克，贼旅冰摧。今太皇帝之灵降灾于逆羌，以形类推之，丑虏必将不振。苻登当因其毙命，顺行天诛，拯复梓宫，谢罪太庙。”于是大赦境内，百官俱进位二等。
然苻登与姚苌子姚崇争麦于清水，数为姚崇所败。苻登转而进逼安定，去城九十余里。姚苌疾病稍愈，率众抗拒苻登，苻登离营与姚苌逆战，姚苌别遣其将姚熙隆从后攻苻登大营，苻登大惧，引军退却。姚苌夜引军追踪苻登三十余里，在其后扎营。然及至天明，斥候禀告苻登道： “贼诸营已空，不知所向。”苻登惊对左右道：“此为何人，去令我不知，来令我不觉，传其将死，忽然复来，朕与此羌同世，何其厄哉！”遂罢师还至雍城。
姚苌身有大恙，不能再战，急赶回长安，直至新支堡，病渐沉重。姚苌夜梦苻坚将天官使者、鬼兵数百突入营中，姚苌大惧，避走入宫，宫卫上前迎接姚苌，见鬼在其后，持矛刺鬼，误中姚苌阴部，群鬼拍手相庆道：“正中死处。”宫卫慌忙拔矛， 出血如注，有一石余。姚苌忽然惊醒，不知何故，阴部突然肿大，急召御医来看，御医以针刺之，阴部出血如梦。姚苌忽然口吐狂言，跪倒磕头道“臣姚苌拜上，杀陛下者乃臣兄姚襄，非臣之罪，愿陛下饶命，不要冤枉于臣。”
车驾及至长安，姚苌自知不起，急召太尉姚旻、尚书左仆射尹纬、右仆射姚晃、尚书狄伯支等入宫，受遗命辅政。姚苌对太子姚兴道：“朕去后，有诋毁此数人者，慎勿受之。 你对骨肉以仁，接大臣以礼，待物以信，予百姓以恩，四者皆备，朕死后无忧矣。”言毕去世，时年六十四，是年为太元十八年（公元395年），在位八年。谥武昭皇帝，庙号太祖，墓称原陵。
