2021-09-06 R包安装

options(repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")

pkg <- c(
  "devtools","tidyverse", "gridExtra","pheatmap", 
  "ggfortify", "survival", "survminer", "ggpubr", "ggplot2", "ggExtra",
  "DESeq2", "edgeR", "GEOquery", "clusterProfiler", "limma", 
  "org.Hs.eg.db", "TCGAbiolinks", "biomaRt", "PCAtools", 
  "EnhancedVolcano", "WGCNA", "YuLab-SMU/createKEGGdb"
  #, "yihui/tinytex"
)
ipak <- function(pkg){
  pkg_name <- gsub('.*/', '', pkg)
  new.pkg <- pkg[!(pkg_name %in% installed.packages()[, "Package"])]
  if(length(new.pkg)){
    BiocManager::install(new.pkg, dependencies = TRUE)
  }
}
ipak(pkg)
pkg_name <- gsub('.*/', '', pkg)
sapply(pkg_name, require, character.only = TRUE)

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