学习小组day3笔记--成琪
conda的安装激活与使用
安装
下载miniconda 在官网复制链接（也可以用清华源的 不过我使用的服务器不支持）
在shell里用 wget ＋链接 就可以下载（最好有个专门的文件夹里放软件如 biosoft）
没安装成功 则输入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（软件信息）
中间会出现很多信息回车跳过就行 当你看到一行“Do you accept the license terms? [yes|no]” yes 就可以
激活
1 输入 source ~/.bashrc 回车 在输入conda
如果没激活成功 输入
echo export PATH=/home/$USER/miniconda3/bin:$PATH>>~/.bashrc 再重复1
添加镜像（快速下载软件 输入下面代码 复制回车 no一下复制）
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
安装软件 conda install fastqc -y（-y表示yes）
输入fastqc --help，如果出现一大片文字 软件的帮助文档 说明成功
卸载软件 conda remove fastqc -y
conda 环境
conda info --envs 查看环境
如 处理转录组数据了先建立一个名叫rnaseq的conda环境
输入 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda activate rna-seq 激活新环境
conda deactivate 退出环境
以上信息来源于生信星球
今天学习内容稍微有点难度 毕竟很多代码不懂 实际操作时 会出现各种麻烦和问题，还得课外再自己多学习一点 不过今天学习的东西挺多的 很nice还是得多练
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