隆安二年，（公元三九八年）会稽王司马道子忌王、殷之逼，以谯王司马尚之及其弟司马休之有才略，引为腹心。尚之对道子曰：“今方镇强盛，宰相权轻，宜密树腹心于外以自卫。”道子从之，以前骠骑司马王愉（王国宝异母弟）为江州刺史，都督江州及豫州之四郡军事，用为外援。调原江州刺史王凝之（谢道蕴之夫，曾状告范宁）回京任左江军闲职。豫州四郡本属刺史庾楷所辖，因其在王恭起兵时，观望形势，故割其地，小惩大诫。
豫州刺史庾楷以道子割其四郡使王愉督之，心甚不平。上疏言道：“江州内地，自有朝廷护佑，而豫州北临戎狄，若地狭民少，一旦强虏入寇，无法抵挡，旦夕可至江淮，惊扰京师，不应厚此薄彼，使愉分督。”朝廷不许。
庾楷大怒，谓朝廷为削弱方镇，竟置国家安危于不顾，自己日后必遭不测，反心乃起。故密遣其子庾鸿前往京口去游说王恭道：“尚之兄弟同秉国政，荒唐过于国宝，欲借朝廷之威削弱方镇，而不顾国家安危。公去岁举兵向朝，必遭嫉恨，为祸不测。今乘其谋议未成，宜早图之。”王恭深以为然，写信以告殷仲堪、桓玄，欲再次举兵讨伐尚之兄弟。
去岁桓玄在王恭事定后，为避祸，求为广州刺史。司马道子忌讳桓玄，不愿其居荆州，恐为祸乱。故遂其所愿，以桓玄为督交、广二州军事、广州刺史。桓玄正欲出发，接王恭书信，大喜，谓天下将大乱，自己正好从中取事，故留在江陵，不赴广州之任。
殷仲堪和桓玄商量后，许之，推王恭为盟主，刻期起兵，同赴京师问罪，当下遣人送信与王恭。
当时情势危急，朝廷之兵封锁各州边界，四处戒严，巡逻甚密，殷仲堪无法与王恭直接联系，派人写信于丝绢之上，秘藏于箭杆之中，装上箭头，用漆封好，借道庾楷送达王恭手中。王恭打开绢书，上面字迹模糊怪异，不复能辨为仲堪亲手所书，王恭怀疑此信为庾楷诈为之，且谓仲堪去年已违期不赴约，今必不先动，有些犹豫，故与部下商议行止，司马刘牢之劝谏道：“将军，国之元舅；会稽王，天子叔父也。会稽王又当国秉政，去岁因将军一怒，戮其所爱王国宝、王绪，又送王廞来书示好，其深伏将军已多矣。谯王所任，虽未允中，亦非大失。其割庾楷四郡以配王愉，于将军何损！晋阳之甲，岂可数兴乎！”
王恭素恃才傲物，既杀王国宝，自谓威无不行，虽仗刘牢之为爪牙而实以部曲将领视之，闻牢之言，大怒道：“我欲匡扶社稷，岂顾私恩。今主上暗弱，道子昏醉，尚之兄弟擅自削藩，必会扰乱天下。晋室将亡，我受先帝厚恩，岂能坐视。道坚若从我，则即刻发兵，若不从，可自投道子谋取富贵。”说罢，怒目而视牢之。刘牢之不敢应，拱手致歉道：“愿唯将军马首是瞻。”说罢悻悻而退，深怀耻恨。
于是王恭上表请讨王愉、司马尚之兄弟。
司马道子收到王恭上表后，大惊失色，与其世子司马元显商议对策。元显道：“父王去岁不讨王恭，故有今日之难。今若复从其欲，则我父子死无葬身之地也。今日之事，有死无退，王请决之。”
道子道：“孤即颁旨，朝中大事悉以委儿，儿可便宜行事，不必奏孤。然北府猖狂，王师羸弱，如何抵敌？”
元显冷笑一声道：“此番当以智取，不可力敌。王恭等逆贼以利合，当以利分之。”
九月，朝廷诏下加会稽王司马道子黄钺，以其世子元显为征讨都督，遣卫将军王珣、右将军谢琰将兵讨王恭，谯王司马尚之将兵讨庾楷。
元显遂命谢安子谢琰为假节，都督前锋军事，屯竹里，以备王恭军。谢琰自谢安死后，历任闲职，今重掌兵权，厉兵秣马，颇思有番作为。
当初，元显使人游说庾楷道；“昔为我卿，恩如骨肉，帐中之饮，结带之言，可谓亲矣。卿今弃旧交，结新援，忘王恭往昔凌辱之耻乎！若欲委身而臣之，使恭得志，必以卿为反覆小人，安肯深相亲信！首身且不可保，况富贵乎！”
庾楷怒道：“王恭昔赴山陵，欲清君侧，相王忧惧无计，我知事急，寻勒兵而至，恭不敢发。去年之事，我亦候命而动。我事相王，无相负者。相王不能拒恭，反杀国宝及绪，如此一来，实令人寒心，谁敢复为相王尽力者！庾楷实不能以家人百口而助人屠灭。”
时庾楷已应王恭，正大征士马，故此决绝。使者返报，朝廷忧惧，内外戒严。
劝说不成，司马尚之率军迎战庾楷。两军战于牛渚（今安徽马鞍山市采石镇），庾楷遣部将段方出战，因庾楷新招军卒，训练不精，被朝廷军队打得大败，段方当场阵亡，庾楷匹马逃奔于桓玄。
道子以司马尚之为建威将军、豫州刺史、假节，一依庾楷故事，寻进号前将军。
对于王恭一路，元显知庐江太守高素与刘牢之为儿女亲家，遣其往说牢之，使叛恭，许事成即以恭位号授之。高素潜入牢之大营，与其密谈道：“道坚以为与朝廷战，胜负如何？”
刘牢之思考片刻道：“与望蔡公（谢琰爵位）战，胜负难以逆料，余者不足虑。”
高素又道：“若孝伯胜，君得何位？”
刘牢之苦笑了一下道：“都督向视我等寒门为武夫，只配爪牙，不堪方面之任。”
高素叹道：“以道坚高才，何必屈居人下。今者举兵向朝，是为叛逆，胜之，不得其位，败则身死名灭，我为道坚不值。”
刘牢之拱手道：“愿闻其详。”
高素拿出司马道子亲笔书信递给刘牢之，道：“相王久闻道坚神武，淝水之战，全赖道坚力战，方能大胜，扭转乾坤，实国家柱石。今若讨逆归正，当以恭所任之位任之。”
刘牢之看罢道子书信，道：“昔我兵败免官，都督任我为司马，倚为腹心，今若叛之，与心何忍？”
高素摇头道：“道坚差矣，何以私恩弃大义？”
刘牢之沉思半晌道：“兹事体大，容我思之。”
高素无奈道：“刻不容缓，且大营耳目众多，道坚速定大事。”
刘牢之命人将高素送到后账歇息，召来心腹议事。
刘牢之道；“王恭昔受先帝大恩，今为帝舅，不能翼戴王室，数举兵向京师，我不能伸恭之志。事捷之日，岂能为天子相王之下乎？我欲奉朝廷号令，以顺讨逆，事成之后，皆有封赏，诸位以为如何？”
其子刘敬宣道：“朝廷虽无成、康之美，亦无幽、厉之恶；而恭恃其兵威，举兵王室，实为叛逆。大人与恭亲非骨肉，义非君臣，虽共事一时，意好不协，今日讨之，于情义何有！”
其余诸将纷纷赞成。
刘牢之看刘裕不语，问道：“德舆为何不言？”
刘裕叹了口气道：“望蔡公为文靖（谢安谥号）之子，献武（谢玄谥号）从弟，我等俱为献武所募，北府一系，今举兵相向，故有同室操戈之叹。”
刘牢之闻言，眼泛泪光道：“德舆言之有理，我等皆为北府兄弟，决无举戈相向之理。”计议遂定，以告高素，高素大喜，即刻离营回禀元显。
然事不机密，王恭参军何澹之发觉高素来营与牢之密谈，急忙报告王恭道：“庐江太守高素为会稽王心腹，与牢之有婚姻，今来营与牢之密谈数日，恐对都督不利，都督须多加提防。”
王恭认为何澹之素与牢之有隙，对其言将信将疑，于是置酒请牢之过府议事。
刘敬宣道：“恐有埋伏，父亲不可前去。”
刘牢之道：“无妨，王恭起兵，必倚我为腹心，若杀我，谁领兵与战，战则必败。其势若骑虎，我安如泰山，然不可无备，你领兵于府外，一旦有变，可举兵相救。”
刘牢之于是内穿精甲，外罩罗袍，过府赴宴。酒过三巡，有些微醉，王恭道：“近日听闻庐江太守高素与卿密谈，可有此事。”
刘牢之起身道：“都督听谁人谣言，绝无此事。牢之对都督忠心不二，望都督明察。”
王恭又道：“谢家对道坚有大恩，今日为敌，如何应之？”
刘牢之大义凛然道：“都督欲伸大义于天下，牢之愿马首是瞻，岂顾私恩。”
王恭也起身施礼道：“恭以身家性命付君，愿拜君为兄，匡扶社稷，共图大业。事成之后，当表兄为都督，统领北府。”
刘牢之快步上前扶起王恭道：“牢之一介武夫，大人为世家高门，岂敢攀附？”
王恭拜谢不起，刘牢之推却再三，只得答应，指天为誓道：“若牢之有负大人，日后不得好死。”
王恭大喜，精兵坚甲，悉以配之，使令其率自己帐下部将颜延为前锋，与牢之共同出兵，攻击建康。
牢之率军赶至竹里，与谢琰军相遇，两军对圆，双方军士因皆为亲旧，均不肯相前，互相呼朋唤友，牢之见不能战，遂命扎下营盘，容后再议。
颜延甚急，闯入牢之大帐问计，牢之缓缓道：“我有一计，可退敌兵。” 颜延问道：“司马何计？”
牢之拍案而起道：“斩你之首，便可退敌。”
颜延大惊，欲逃出帐外，牢之左右亲兵一拥而上，将其拿下，立斩于帐外。
牢之立刻将颜延首级送于谢琰大营，说明归顺之意，谢琰大喜，具表上奏。
刘牢之另遣其子刘敬宣及其婿东莞太守高雅之，回兵京口袭击王恭。高雅之为高素之子。王恭方出城阅兵，忽见刘敬宣率众，纵马挺抢而来，王恭见来者不善，大喝道：“万寿贤侄（刘敬宣字），所为何来，道坚何在？”
刘敬宣冷笑一声道：“我父子已归顺朝廷，今特来取你性命，以慰圣心。”
王恭大惊，左右急忙上前拦挡，刘敬宣率军横击，恭兵皆溃，何澹之逃奔桓玄。王恭急忙奔回京口，将入城，高雅之已闭城门，城上箭如雨下，王恭不得入，只好单骑奔曲阿。
王恭久不骑乘，髀肉生疮，鲜血淋漓，疼痛不已，不复能去。于路正逢曲阿人殷确，以前曾在王恭帐下为参军，感恭恩遇，以船载之，藏于苇席之下，将奔桓玄。
船至长塘湖，遇商人钱强。钱强素与殷确有隙，觉船上所载之物有异，告于湖浦尉。尉率兵围之，一查之下，搜出王恭，大喜过望，解送至京。
在途中，遇故吏湖孰令戴耆之，戴耆之贿赂公人，与王恭私谈了几句，王恭小声告之道：“我有庶子现藏于乳母家，人所未知，烦君为我送寄桓南郡，抚养成人。君若惧连累，可出首告之，我父子同死可也。”
戴耆之怒道：“是何言也。公忠心为国，死于王事，我岂惧连累。当尽心为公，有死而已。”二人含泪分别，戴耆之日后果真寻着王恭庶子，送其于夏口桓玄处。
道子闻恭至，出与之语，哈哈大笑：“孤为坐上客，君为阶下囚，孝伯今日还有何话讲？”
王恭神情自若，整理一下鬓发，缓缓道：“我暗于识人，所以至此，原其本心，岂不忠于社稷！但令百世之下知有王恭，死得其所。”
道子大怒，将其下狱，暂且关押起来。遂以刘牢之为都督兗、青、冀、幽、并、徐、扬州、晋陵诸军事以代恭之职。
