如何在linux环境下安装软件——conda
conda就是linux的应用商店，日常生信使用小而精的Miniconda即可
安装和使用Miniconda
安装
- 百度/谷歌搜索“miniconda 清华”
- 进入：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本 - uname -a #查看服务器是多少位的
- 点击安装最新版本（latest），复制下载连接
- cd biosoft #进入biosoft目录
- wget 粘贴下载链接 #下载Miniconda
- bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh（下载的Miniconda）#安装，如果失败了，从这步重来
该enter 就enter,该yes就yes - source ~/.bashrc #激活conda
- conda #出现满屏信息说明激活成功
- conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes # 上述代码 配置清华镜像
使用conda
- conda list #查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda search 软件名（e.g.conda search fastqc） #搜索conda软件
- conda install 软件名 -y #-y是yes，如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
- conda remove 软件名 -y #卸载软件
