在linux安装软件

conda相当于app store
miniconda是主要负责生信领域的conda的精华版
--生信星球

一、下载安装miniconda

1.清华的conda镜像网站
复制Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh链接

• 进入biosoft目录
• wget 链接 #下载命令
• bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh #安装命令
• Thank you for instelling Miniconda3 表示安装成功
• source ~/.bashrc #激活conda

2.添加镜像: 镜像网站相当于主网站的副本，conda在国外，国内下载软件速度慢，因此配置镜像，从镜像网站下载可以加快下载速度。

使用中科大的镜像：复制下列代码到命令行，粘贴，回车。

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

--生信星球

二、使用conda

• conda list
  查看当前服务器上安装的所有软件列表
• conda install fasted -y
  安装软件fastqc，-y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes
  conda install fastqc=0.11.7 -y
  指定版本号安装
• fastqc --help
  若会出现软件的帮助文件，可以确认软件是否安装成功。
• conda remove fastqc -y
  卸载软件

思维导图