Linux环境下软件的安装与使用
1. Linux软件商店Miniconda3的安装
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Miniconda的意义 --- Linux生信分析软件的商店
conda.png
2. Miniconda 获取与安装
- xshell 登录服务器
- 安装步骤
(1) bing检索 tsinghua镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-s390x.sh
cd biosoftware #进入设定安装目录
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-s390x.sh #下载到本地
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装
source ~/.bashrc #激活conda
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
3. 使用Conda
- 查看当前服务器安装的所有软件列表
conda list - 安装软件fastqc
conda install fastqc -y #-y同意安装过程中问题
conda install fastqc=0.11.7 -y #安装指定版本号的fastqc - 确认fastqc安装是否成功
fastqc --help #是否可以显示帮助文档 - 卸载软件
conda remove fastqc -y
4. 需要理解的内容
- conda环境
conda info --envs #查看当前conda环境 - 创建conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #创建rna-seq的conda环境，指定python版本为3，安装软件fastqc、trimmomatic - 查看conda环境
- 激活新的conda环境
conda activate rna-seq #观察默认环境*的位置
在此环境下可以运行安装的fastqc、trimmomatic软件 - 退出环境
conda deactivate #退出当前conda环境
总结
conda.png
