假尿嘧啶合成酶可以分为RNA依赖的假尿嘧啶合成酶和RNA非依赖的假尿嘧啶合成酶，其中RNA依赖的假尿嘧啶合成酶包括酵母中的Cbf5和人类中的DKC1，它们在Box H/ACA snoRNA或者 scaRNA的指导下在RNA的特定位置进行假尿嘧啶修饰，主要针对rRNA和snRNA的假尿嘧啶修饰；RNA非依赖的假尿嘧啶合成酶则主要负责tRNA，mRNA的假尿嘧啶修饰，包括PUS1，PUS4，PUS7，PUS10等。而针对tRNA假尿嘧啶修饰的研究表明，这些RNA非依赖的假尿嘧啶合成酶主要依靠序列或结构进行底物RNA的识别和修饰。本研究则基于体外重构的假尿嘧啶修饰和检测方法，发现Pus1指导的mRNA假尿嘧啶修饰也存在结构依赖。
体外重构的假尿嘧啶修饰和检测方法
三言两语
1.体外重构的假尿嘧啶修饰和检测方法的开发：即针对早前Pseudo-seq等假尿嘧啶高通量测序技术鉴定的位点，进行PCR扩增后，体外转录成RNA，然后使用RNA非依赖的假尿嘧啶合成酶进行体外修饰，再使用Pseudo-seq进行修饰水平检测。
2.基于体外的假尿嘧啶修饰和检测方法，结合修饰位点附近碱基配对情况及最低自由能，发现酵母Pus1介导的mRNA假尿嘧啶修饰存在结构依赖，其发生修饰的位点位于茎环结构的5末端。
结构依赖的假尿嘧啶修饰
Reference
Carlile, T. M. et al. mRNA structure determines modification by pseudouridine synthase 1. Nature Chemical Biology (2019).
