毛细管电泳仪是一种利用高压电场作用下，物质中各组分在电解液中存在不同淌度（单位电场强度下的迁移速度）的现象来达到组分分离目的的仪器。
毛细管电泳仪由进样系统（气压进样和位差进样）、高压电源、数据处理系统、毛细管柱、检测器等组成。
电泳速度：在电场作用下，正负电荷离子往电性相反反向移动。
电渗速度：在电场作用下，溶液往一定方向移动。
在PH＞3的电解质缓冲溶液中，存在不同电荷的离子，溶液呈现导电性。在高压直流的作用下，带电荷离子会定向移动。正电荷离子会往负极移动，负电荷离子会往正极移动。在同一个电场中，存在电泳和电渗速度，一般情况下，电渗速度大于电泳速度，从而达到分离的过程。
由于石英毛细管管壁表面带负电荷，与溶液形成双电层，但存在高压直流电源时，溶液中阳离子就会被吸引到阴极，从而带动整个溶液往阴极移动。
即溶液中阳离子的电泳方向和电渗方向一致，速度最快，先分离；中性粒子不带电，只存在电渗方向，后分离；阴离子的电泳与电渗反向相反（一般电渗速度大于电泳速度），矢量和方向为电泳方向，故最后分离。
