麦克是一位著名儿童心理学家，但是即使是他，却也有始终未能治愈的患者，甚至因此遭到枪杀，这名少年随后也饮枪自毙。这给麦克带来很大心理阴影，一年后他找到另一个症状很像这名患者的男孩柯尔 ，并耐心的做起了他的医生。柯尔并不容易接近，但麦克还是慢慢赢得 了他的信任，得知了柯尔的秘密。原来柯尔有着灵异的第六感，可以看到鬼魂。虽然这令人感到难以置信，但麦克在证实了事情的真相后还是帮助柯尔接受了这个事实。可是就在问题即将得到解决的时候，麦克却在柯尔的引导下，发现了一个更令人震惊的秘密。
8岁的科尔拥有着看透世界，与鬼魂沟通的能力。但是，很显然，这种能力即使是对于一个心智已经成熟的成年人来说都是一种不可思议，甚至是不可接受的诡异力量，更何况是对于一个尚且年幼的孩子。当生活中，时不时有一个或几个依然保留着恐怖死状的鬼魂突然出现在他身边，同他说话。
没有人相信他说他能看到这种超自然的存在，即使是他的母亲。当时日长久之后，他已经学会了独自面对，独立承担。但恐惧并没有因此减少，而连上帝的小瓷人像也已经无力再保护这个生活在“异度空间”里的孩童。
男孩拥有天生的‘鬼眼’，在麦克通过真诚的努力与执着的认真打开他心灵封锁的时候，他愁容满面的对麦克说：“我可以看到死人”、“他们不知道他们已经死了，他们像我们一样的走来走去，只能看到他们想看的东西”，之后如释重负的睡去。在孩童时代年少而懵懂的我们有过多少不愿为人诉说的秘密？我们视若珍宝或者坚信不疑之时却永远无法得到成年人的认可。麦克当然也无法相信这些，他认为男孩也许需要更系统的治疗。
转机出现在麦克收听以前的治疗录音的时候，他居然听见录音带的空白处有人在不停的呼喊：“我不想死！”。而当他终于相信并回到男孩身边之后，他们完成了男孩作为灵童的第一次行动，他们帮助一个刚刚死去的女孩揭露了凶手，而男孩也终于找回了自己、不再害怕，回归了属于自己的童年欢乐。
一切豁然开朗，告别再所难免，在男孩参加完一次舞台剧的演出之后，他的脸第一次挂上了童贞而轻松的笑容。他对麦克说：“我们不会再见了吧？我们可以假装明天还会见面。”麦克微笑着说：“明天见。”而此时的我们也难免带上了些伤感，他们要分别了，而我们也似乎告别了一些什么，这是一些什么呢？淡淡的，却始终无法说得清楚。
突然想起在麦克对男孩的治疗遇到瓶颈的时候，他矜持而艰难的对男孩说：“我帮不了你了，我想要再和妻子说话，我想要回到自己从前的生活。”男孩认真而悲伤的流泪：“你不相信我对吗？你不相信我，要怎么帮我？”，男孩将那枚麦克为逗他开心而在滑稽魔术中使用的硬币重推到麦克跟前，用一只孤独而一往无前的小手，他倔强的说：“有些魔术是真的……”。他们那两双忧伤的蓝眼睛彼此纠缠而难以割舍，我仿佛看到了一个孩子对成人世界的无畏与依赖和一个成人对孩子的尊重与至诚。
存在主义是“一种个人主义哲学，这种个人主义同传统的个人主义不同的地方……是把孤独的个人看作是自己的出发点”。因此, 在这个“主观性”林立的世界中，人与人之间必然发生矛盾和冲突，“每个‘自为’的人处在‘自在’的荒谬世界中，常常遇到的是障碍、限制和不幸，感受到的是孤独、恶心和痛苦”，“个人往往是荒谬处境中的一个痛苦的孤独者”。一旦人的认知被卷入荒诞性和偶然性交织的漩涡，这种对人生不可捉摸的不确定性所带来的厌恶就变得不可避免，孤独感也就由此产生。这种孤独来自于每个个体与世界，包括这个世界中的其他生命之间无法跨越的鸿沟，它是与生俱来的。
在《第六感》中也赤裸地向我们展现了这种孤独感。柯尔因从小能看见鬼魂和过去发生的事情而被认为是怪胎，独自忍受同龄人的谩骂和欺凌，内心极度封闭。家中时常出现的灵异事件也造成了他和母亲之间的隔阂，母亲渴望走进他的世界，了解他的恐惧，却也不相信柯尔口中的超自然现象。和最亲密的母亲诉说无果后，懂事的柯尔为了不让她担心，选择了善意的欺骗。每天他和厌恶的伙伴假装亲热地一起上学，告诉母亲自己在学校打出全垒打，出尽风头。然而他在学校里并不受老师和同学们的欢迎，就连难得的一次被邀请参加生日聚会，他也成为恶作剧的对象，关进狭小黑暗的阁楼中独自承受恐惧。唯一接近柯尔内心的马尔科姆最初给他下的诊断是妄想症和精神分裂。对年幼的柯尔来说，在家庭、学校两个链条中他似乎都是被抛弃的一环，所以面对这个没有理由的荒诞世界，他的眼睛里有着与年纪不相符的敏感和漠然。
而对一年前就已经死去的鬼魂医生马尔科姆来说，他的孤独感则表现得则更为强烈。事业上的苦闷，妻子的冷淡，孤独让他在寒冬里的背影显得消瘦。他唯一的消解自己对文森的愧疚是希望能够接近柯尔，了解他的孤寂来缓解自己的孤寂。值得一提的是对马尔科姆鬼魂身份的设定使得他除了和柯尔交流之外在片中出现的每一个镜头中都是独立的，无论是妻子还是柯尔母亲都从未与他对视，这些细节也让他与世界的分离感更突出。
在色彩运用上，影片在总体偏青冷的色调中多次出现浓郁的红色，比如柯尔在参加生日聚会中红色的气球和毛衣，房间里出现鬼魂的红色帐篷等，红色在电影中的出现突兀而鲜明，导演沙马兰解释说“用红色表示真实世界被另一个世界感染的一部分”，这种与真实世界分离又混合的标记使影片的画面中带有一种无处可逃的孤独预设。
