linux环境下的软件安装
1. 将miniconda下载到服务器上
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. 安装miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装
source ~/.bashrc # 激活
3. 配置镜像
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
4. 使用conda
conda list # 查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda install fastqc -y # 安装软件 fastqc, -y是yes
fastqc --help # 确认fastqc软件是否安装成功
conda remove fastqc -y # 卸载软件
5. conda环境
查看当前有哪些环境 conda --envs
建立新环境和安装软件 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
激活新环境conda activate rna-seq
退出当前环境conda deactivate
家目录（home）和目录 （biosoft）下均可运行conda？
(base) bio13@VM-0-6-ubuntu:~$ conda info --envs
# conda environments:
#
base * /home/bio13/miniconda3
(base) bio13@VM-0-6-ubuntu:~$ cd biosoft
(base) bio13@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base * /home/bio13/miniconda3
