今天终于把ka/ks算出来了，真0基础学习，谢谢互联网的分享精神，看了好几位网友的操作步骤，摸爬滚打地把自己碰到的问题解决了。
wget ftp://download.big.ac.cn/bigd/tools/ParaAT2.0.tar.gz #下载安装包
gzip -d /root/ParaAT2.0.tar.gz
tar -xf /root/ParaAT2.0.tar #解压安装包
上集说到未安装比对工具，无法运行。于是下载并解压clustal
wget http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1-linux-x86_64-libcppstatic.tar.gz #下载clustal安装包
tar -zxvf clustalw-2.1-linux-x86_64-libcppstatic.tar.gz #解压安装包
之后按照kaks_calculator安装包里面的安装说明进行解压和安装
yum -y install gcc
yum -y install gcc-c++
下载kaks_calculator压缩包，利用winscp传递到root目录
gzip -d /root/KaKs_Calculator2.0.tar.gz
tar -xf /root/KaKs_Calculator2.0.tar
cd /root/KaKs_Calculator2.0/src
make #这是按照解压包里面提到的方式进行安装-但是会报错make***error 1，于是也不知道有没有成功
chmod 757 ./root/KaKs_Calculator2.0/src/AXTConvertor
chmod 757 ./KaKs_Calculator2.0/src/AXTConvertor
chmod 757 ./KaKs_Calculator2.0/bin/Linux/KaKs_Calculator
echo 'export PATH=/root/KaKs_Calculator2.0/bin/Linux:$PATH' >>~/.bashrc
echo 'export PATH=/root/KaKs_Calculator2.0/src:$PATH' >>~/.bashrc
source ~/.bashrc #之后按照网友提供的改变环境变量的方式，把这个计算放到可以找到的位置
export PATH=/usr/local/bin/ParaAT2.0:$PATH #同时还用winscp将ParaAT2.0文件夹拷贝至/usr/local/bin了
export PATH=/usr/local/bin/clustalw-2.1-linux-x86_64-libcppstatic:$PATH #同时还用winscp将clustalw-2.1-linux-x86_64-libcppstatic文件夹拷贝至/usr/local/bin了
cd /usr/local/bin/ParaAT2.0
在这个路径中可以试运行提供的样品序列，按照readme提供的代码，指令可以识别程序运行，但是自己整理的序列总是出问题。逐步排查原因，发现是同源基因名称的这个文件的问题。计算的时候它并不是生成矩阵每两个基因之间计算一次ka/ks值，而是根据提供的同源基因对进行计算，比如需要计算所有基因相对于同源基因A1的ka/ks，那么提供的内容应该是，每一行中的同源基因对用tab键分开，每一列换行：
A1 A2
A1 A3
A1 A4
等等。
