总是有小伙伴在学我们的单细胞代码教程(少走点单细胞的弯路)时深感头疼,密密麻麻的代码、繁琐的流程、巨大的数据量,这些都是劝退大家的门槛。这对这一现象,Biomamba联合寻因生物发布了科研利器——SeekSoul Online单细胞云平台及对应的《2周教你学会单细胞生信全套分析》课程,准备好零代码发单细胞文章吧!
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各位同学需要联系您的专属在线客服,获取demo数据后,进行操作学习。(点击此处跳转)
图文教程
一、资源总览
登录云平台后会进入「资源总览」,该界面主要包含四部分内容:
1、《我的项目》:创建项目及单细胞分析流程,可进行「细胞注释」及单细胞相关图片绘制。
2、《我的数据》:样本信息,包括标准分析及用户上传的样本信息。
3、《我的数据库》:查看已收集的公共数据库,用户也可以自定义数据库用于后续「差异富集」分析。
4、《我的基因集》:查看已收集的注释细胞类型及其marker,用户也可以自定义marker基因集用于注释及画图。
二、我的项目
《我的项目》主要用于管理分析流程。同一个项目下可进行大群及亚群的分析,如需新增或删减样本重新分析建议用户创建新的项目。项目创建流程如下:
1、点击【新建项目】。
2、填写<分析项目名>及<描述>,【提交】该项目,在弹出的提示信息中点击【确定】保存项目信息。
三、基础分析
「基础分析」是分析流程初始模块,该模块可进行基因线粒体过滤,去批次整合聚类,保留质量合格的细胞进行后续分析。分析流程创建及过滤整合聚类流程如下:
1、【新建流程】创建单细胞分析流程。项目开始一般选择样本进行大群分析,后续选择注释好的细胞类型进行亚群分析。
2、填写<流程名称>及<流程描述>,用于后续查找和了解流程信息。
3、【选择数据】选择待分析的样本,可选择已经整合好的多样本数据,也可选多个单样本进行过滤整合。
此处数据详细来源可查看《我的数据》。
4、【分组】对样本添加分组信息,选填,后续模块也可添加分组信息,详情可见「画图工具」添加标签功能和「差异富集」分组功能。
5、填写信息,选择待分析的数据,可以选择【开始分析】手动进行过滤整合和聚类,也可以选择【基础分析】、【基础分析+细胞注释】、【基础分析+细胞注释+差异富集】或【基础分析+细胞注释+差异富集+画图工具】快速进行自动分析。
6、【开始分析】后的《图表数据》会统计样本UMI,线粒体占比及基因表达情况,简要展示各样本质量信息。
7、展开按钮查看默认参数,用户可参考已发表单细胞文章方法中的过滤参数进行【过滤】。
注:如果选择的是已经整合的数据,点击【过滤】会提示是否需要跳过过滤整合步骤,如果不需要调整参数可跳过进行后续分析,如果需要调整过滤阈值则取消跳过,重新进行过滤整合。
8、【过滤】后可查看各样本过滤后质量信息,同时可对单样本进行个性化调整,保证整体样本质量一致。
9、质控合格的数据进行【整合】,目前提供三种整合方法,其中 CCA 和 Harmony 会对多个样本进行批次矫正。
10、【整合】后会展示样本整合情况,可调整整合参数重新整合。建议用户尝试调整多种整合方法,选择更合适的方法进行后续分析。
11、【整合】确认后进行【聚类】,可新建选择多个分辨率进行聚类,分辨率越大分群数量越多。后续模块也可新增分辨率进行聚类。
12、【聚类】后无需调整则点击【完成】,跳转「细胞注释」模块正式开始进行单细胞相关分析。该步会耗费一些时间,请用户耐心等待。