DAY3 linux环境下的软件的安装与激活 Chen

DAY3 linux环境下的软件的安装与激活

• 软件的介绍
  • conda是为管理python包，其是涵盖许多领域的软件包管理器
  • miniconda是conda中专门负责生信领域的软件，小而精
• 安装管理器

  • 检查本机服务器信息：uname -a

    截屏2021-07-08 11.23.54.png

  • 登陆服务器

  • 创建一个空目录用于放置后续安装的生信软件mkdir biosoft

  • 转入该目录 cd biosoft

  • 复制粘贴此命令行wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

    截屏2021-07-08 11.28.02.png

  • 复制粘贴此命令行![截屏2021-07-08 11.29.14.png](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/26524554-f85a48da7dcb7c7c.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)

• 安装软件

  • 检查当前管理器软件列表 conda list

    截屏2021-07-08 11.31.27.png

  • 安装软件 conda install fastqc -y

    截屏2021-07-08 11.31.39.png

  • 确认fastqc安装成功 fastqc --help

    截屏2021-07-08 11.32.06.png

  • 卸载软件 conda remove fastqc -y

    

• 激活conda

  • 查看当前conda的环境 conda info --envs

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  • 建立一个新的环境 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

    1731625709452_.pic.jpg

  • 激活新的conda环境 conda activate rna-seq

    截屏2021-07-08 11.36.52.png

  • 退出当前环境 conda deactivate