中医基础理论的主要特点有两个：一个是整体观念；另一个是辨证论治。
整体观念是指以统一性和完整性来认识事物及事物间的联系。而中医的整体观念对于人有两个方面的认识：一个是对于人的认识——人体是一个有机的整体；一个是人与环境的关系——密切联系的。
至于辨证论治，是中医诊断疾病和治疗疾病的基本原则，是中医学的基本特点之一。辨证，就是将望、闻、问、切四诊所收集的资料、症状和体征，通过分析、综合、辨清疾病的原因、性质、部位和邪正之间的关系，概括判断为某种证。论治，是根据辨证的结果，确定相应的治疗方法。
辨证是确定治疗方法的前提和依据，论治是辨证的目的。辨证论治的过程，就是认识疾病和处理疾病的过程。在诊治疾病中，辨证和论治互相联系，不可分割。辨证论治作为指导临床诊治疾病的基本法则，能辨证地看待病和证的关系。
同病异治，是指同一种疾病，由于发病时间、地区及患者机体反应的不同，或处于不同的发展阶段，其所反映的病机及表现的证候不同，因而治法也不一样。
