自刘牢之死后，何无忌隐居京口，见北府旧将一一被杀，恐祸及于己，遂潜赴刘裕军中，此刻刘裕正驻兵山阴。何无忌与刘裕见面后，一番寒暄，直抒胸臆，劝说刘裕道：“今桓玄将篡，世人皆知，君手握精锐，欲匡扶王室，起兵讨之乎？”
刘裕沉默半响，道：“恐时机未到。”
何无忌霍然而起，大声喝道：“毛泰之后为无终，无终之后，君其为之？”
这一声如当头棒喝，刘裕一下子清醒过来，也站起来，紧紧握住何无忌之手道：“人为刀俎，我岂能为鱼肉。”
至此谋定。二人遂细细商议起兵事宜，当务之急要筹集钱粮。
刘裕道：“此间有一豪士孔靖，乃圣人之后，车骑将军孔愉之孙，我征孙恩之时，相谈甚欢，供给颇丰。你我前去一晤，再做打算。”
何无忌道：“如此甚好，事不宜迟，这便前往。”
刘、何二人带了几名亲兵，骑马向城东而来，走了约莫一个时辰，来到一处大庄园，但见古树参天，白墙黛瓦，好个幽静所在。亲兵上前去叩门，说明来意，管家将二人迎进前厅落座，不一会儿，主人从屏风后转出，只见此人峨冠博带，神清气爽，见到刘裕等人，拱手施礼道：“不知将军驾到，有失远迎，恕罪，恕罪。”
刘裕、何无忌慌忙还礼道：“季恭（孔靖字），我等唐突，还望海涵。”
宾主落座，一阵寒暄过去，刘裕命屏退左右，孔靖见事涉机密，将二人引入内室，重新落座之后，刘裕神色凝重道：“季恭，今日所言，涉及你我身家性命，切不可传六耳。”
孔靖淡淡道：“士不可以不弘毅，任重而道远。仁以为己任，不亦重乎?死而后已，不亦远乎?”
刘裕点点头道：“我观桓玄有篡逆之心，欲在此处起兵讨之，季恭以为如何？”
孔靖思索片刻道：“山阴去都道远，义旗一举，京师尚可从容布置，举事难成。且玄未篡位，恶迹不彰，人心难附，不如待其已篡，于京口图之，京口近在肘腋，猝不及防，庶几可成大业。”
刘裕思忖半日道：“言之有理。”
孔靖又道：“建康一下， 在下可为将军抚定三吴。”
刘裕道：“如此甚好。”也不多言，就此拜别，孔靖送出门外，目送二人离去。
何无忌在路上道：“孔靖不应我，当杀之，恐泄密。”
刘裕摇摇头道：“圣人之后，果有仁爱之心。”
何无忌奇道：“德舆，何出此言？”
刘裕幽幽道：“东土自遭孙恩之乱，民不聊生，我若在此处起兵，则黎庶必遭涂炭，故季恭阻我。”
何无忌恍然大悟道：“竖子安敢欺我。京口距建康不过百里之遥，一旦发难，大军倏忽可至，我等如何抵挡。”
刘裕道：“君曾为樗（chu）蒲之戏乎？”
何无忌摇头道：“不曾。”
刘裕笑道：“裕年少时，曾日日沉迷于此，欠下刁逵巨债，为其所辱，幸得中书令（指王謐）周旋，才能脱难。今日我等与桓玄一战，犹如樗蒲之戏，以家国性命为注，天地山河为证，人生有此一搏，岂不快哉！何山阴、京口之分！”说罢仰天长啸，豪气干云。
何无忌听完，为之倾倒。
是岁，桓玄兄桓伟卒于荆州刺史任上，朝廷追赠其为开府仪同三司、骠骑将军。桓玄欲以桓修代之，从事中郎曹靖之劝道“右军（指桓修，曾任右将军）若任荆州，则其兄弟（指桓修、桓谦兄弟）职居内外，恐权倾天下，即不为叛，亦难以克制。”
桓玄深然之，乃以南郡相从弟桓石康为西中郎将、荆州刺史。桓伟丧服未满，朝旨令桓玄因公除服，桓玄便大排筵宴，伴乐初起，桓玄抚案恸哭，众人赶紧劝解，桓玄遂收泪尽欢。
桓玄兄弟六人，大哥桓熙、二哥桓济因与其叔桓冲争位，欲谋害桓冲，被流放长沙。三哥桓歆生性愚笨，不辨菽麦。其亲所仗者唯剩五哥桓伟，桓伟为人平厚笃实，为士民所重。桓伟既死，玄乃孤危。而其不臣之迹已著，自知怨满天下，欲速定篡逆，侍中殷仲文、散骑常侍卞范之等桓玄心腹，为立拥戴之功，劝大将军桓玄早日受禅，私下撰写九锡文及册命。
桓玄遂以桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、领司徒，桓胤为中书令，加桓修抚军大将军。桓胤，桓冲之孙。
未几，朝廷册命下，任桓玄为相国，总领百官，封南郡、南平、宜都等十郡之地，为楚王，加九锡，楚国置丞相以下官，完成了其父桓温未竟之愿。
新野人庾仄，为南阳太守，本为殷仲堪一党，闻桓伟死，而桓石康未至，乃起兵袭雍州刺史冯该于襄阳，冯该猝不及防，大败而走。庾仄聚众七千，设坛，祭祀晋国历代祖宗，云欲讨桓玄，江陵为之震动。桓石康至江陵到任后，发兵北上攻襄阳，庾仄乌合之众，一战被打得大败，庾仄无奈，只好投奔后秦。
冀州刺史刘轨、襄城太守司马休之、征虏将军刘敬宣、广陵相高雅之、江都长张诞等人在山阳被孙无终打败后，投奔到南燕慕容德处，闻桓玄受九锡，为楚王后，高雅之对慕容德道：“桓玄篡逆，国将不国，陛下可乘此南征，纵未能廓清吴、会，亦可收江北之地。”
慕容德召集众臣商议此事，道：“朕以旧邦覆灭，暂居齐鲁，无一日敢忘祖宗社稷。朕欲先定中原，再荡平荆、扬，故未南征江淮。今江左来归者劝朕南伐，其为公卿议之。”
中书侍郎韩范道：“夫帝王之道，首崇经略。有其时无其人，则弘济之功难成；有其人无其时，则英武之志不申。至于能成王业者，惟人时合一也。自晋国内乱，七载于兹。桓玄逆篡，虐逾董卓，人神共怒，怨恨淤积。可乘之机，莫过此也。以陛下之神武，经而纬之，驱乐奋之卒，乘厌乱之机，犹声发响应，影随形动，未足比其易也。且江、淮南北户口未几，公私戎马不过数百，守备之事盖亦微矣。若以步骑一万，建雷霆之举，卷甲长驱，指临江、会，敌必望风披靡，民当壶浆属路。至此我大燕便跨地数千，众逾十万，可西并强秦，北抗大魏。夫欲拓境开疆，保宁社稷，无过于今也。如此机会一失，豪杰复起，翦除桓玄，布惟新之化，遐迩既宁，物无异望，非但建业难图，江北亦不可冀。机过患生，忧必至矣。天与不取，悔将莫及。待晋复强，北上图燕，反受其祸，惟陛下深思。”
尚书潘聪道：“自古禅代，必先立功，然后立威，众心乃服，国祚乃替。今桓玄虽受九锡，于国未有大功，若骤行禅代，众必不服，国必生乱，我乘此时伐之，如顺水行舟，不费己功。若现下起兵，桓玄举全国之力抗之，而秦、魏乘我之后，则势成骑虎，进退维谷，唯陛下三思。”
慕容德思之再三，道：“潘尚书谋国老成，思虑周详，朕当厉兵秣马，待机而动。”
慕容德为示燕兵威，安众人之心，率刘轨、高雅之等人演武于城西，大燕步兵三十七万，车一万七千乘，铁骑五万三千，周亘山泽，旌旗弥漫，钲鼓之声，振动天地。
慕容德登高望之，顾谓刘轨、高雅之道：“昔郤克仇齐，子胥怨楚，终能畅其刚烈，名留千载。卿等既弃暗投明，当使无愧古人也。”高雅之等顿首答道：“幸蒙陛下收留，再造之恩，没齿难忘。存亡继绝，善莫大焉。如有差遣，万死不辞！”
