肠炎结肠炎在临床上可治疗的药物是比较多的，大体上常见的药物有抗感染药、激素类药物、免疫抑制药物、止泻类药物等等，患者应该在专业医师的指导下，使用正确的药物治疗。
1、抗感染药：对治疗各部结肠炎，防止并发症有较好疗效。有的引起恶心，呕吐、头痛、皮疹、粒细胞减少、贫血和肝功能不良。如不见效和有不良反应，可用其他的药物。
2、激素治疗：肾上腺皮质激素，可改进全身状况，使病程缓解，排粪次数减少，复发症状减轻和食欲增加。但也有的病人效果不好，并可使溃疡穿孔，出血和愈合缓慢。
3、免疫抑制药：可改变病的进程，抑制临床表现，但不能改变基础病，常用于静止期减少复发，也可能中毒，应加注意。
4、止泻药：可减少排粪次数，减轻腹痛。止泻药物对急性发作的溃疡性结肠炎，可能引起中毒性巨结肠，应慎重使用。也可给镇静药物和解痉药物。
5、当患者发生腹泻时，水分和电解质(钠、钾、氯化物和碳酸盐)通过稀便持续大量丢失，水分和电解质也通过呕吐丢失，因此非常容易引起脱水，并且脱水程度会不断进展，脱水严重者可以引起低血容量性休克危及生命甚至造成死亡。
因此治疗腹泻最关键的就是要及时补充丢失的水分和电解质，不仅要补充累积丢失量，还要补充继续丢失量，只要腹泻没停止，就需要一直补液,常见的有博叶口服补液盐III，既可以快速补液，预防和治疗腹泻引起的轻、中度脱水，又可以补充丢失的电解质钠离子、钾离子、氯化物等，还可以减少腹泻次数、缩短腹泻持续时间。
