ReadAlignChunk_processChunks.cpp:177:processChunks

  • 在运行STAR时，报错如下：
    ReadAlignChunk_processChunks.cpp:177:processChunks EXITING because of FATAL ERROR in input reads: unknown file format: the read ID should start with @ or >
    May 01 17:32:45 ...... FATAL ERROR, exiting
  • 验证文件是否为FASTQ格式：
    zcat SRR01_1.fastq.gz | head -n 4
    检查第一行是否以@开头，第三行是否为+。
    如果不符合格式，可能是文件损坏或格式错误。
  • 对于压缩的文件，添加参数：
    --readFilesCommand zcat
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