Cellphonedb 安装记录(Linux)
1.首先在conda base环境中安装R:conda install R(mamba install R);
2.然后创建cellphonedb环境:conda create -n cellphonedb python=3.7;
3.安装cellphonedb:pip install cellphonedb,报错:
rpy2这个包去年我在windows上安装这个包就没有成功,从而改用cellchat,这次找了一下可能得解决方法:
4.在cellphonedb环境中打开R,输入Sys.getenv('R_HOME')或者R.home(component='home'),显示的结果便是R_HOME,复制该结果(下面将用R_HOME表示该路径);
5.vim ~/.bashrc打开文件,在最后一行插入PATH=$PATH:R_HOME/bin,关闭;
6.vim ~/.bashrc打开文件,在最后一行插入PATH=$PATH:R_HOME/bin/x64,关闭;
7.再次安装cellphonedb,显示成功。