2021-03-17第四课 R包

R包不是学会多少个,而是给你多少R包你都能学会。

下载来源:

CRAN
Bioconductor
github
下载命令分别为:
install.packages()
BiocManager::install()
devtools::install_github()

括号里写作者用户名加包名

devtools::install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")

网络问题经常导致github访问不了,可选择本地安装

devtools::install_local("AnnoProbe-master.zip",upgrade
= F)
安装在工作路径下面。不然找不到。

用于R包安装的函数搞清楚从哪里来的。

安装后需要加载。
library() require() 是否加引号
每次打开session都需要加载。

5.国内 R包安装前需要设置镜像

就是中科大,本校。
http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/

6.R包安装和使用的逻辑

(1)安装 加载 使用
(2)已安装,不加载,直接使用
包名 ::函数名,表示显式的指定用某个包里的某个函数,通常用于实战中仅用一次的函数,也适用于两个包中的函数名有冲突的情况。

7#常见疑问
如果说有大片提示,检查error,没有就忽略。
(2) package not available
原因一:包名写错
原因二:安装命令使用错误
原因三:跟版本极少有关系,如果有就查找官网版本。或者下载历史版本R包。
从老师简书搜索。
(3)是否更新
重复 三次 n,三次后还报错就更新。
不想回答:安装命令加参数,update=F ask=F
(4)加载A包,报错B包不存在。
B为依赖包,先安装。

问是否更新,“不存在”

本质是R包之间复杂的依赖关系
大多数情况下,依赖包会自动安装
(5)报错中有 connection url 404 http
说名网络原因
代码看PPT

满分操作:判断式安装

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

认清函数和数据。看懂代码
@ 是狭义对象取子集。
save 专门能识别文件名
基础的问题必须解决。重视基础。

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