R包不是学会多少个，而是给你多少R包你都能学会。

下载来源：

CRAN
Bioconductor
github
下载命令分别为：
install.packages()
BiocManager::install()
devtools::install_github()

括号里写作者用户名加包名

devtools::install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")

网络问题经常导致github访问不了，可选择本地安装

devtools::install_local("AnnoProbe-master.zip",upgrade
= F)
安装在工作路径下面。不然找不到。

用于R包安装的函数搞清楚从哪里来的。

安装后需要加载。
library（） require（） 是否加引号
每次打开session都需要加载。

5.国内 R包安装前需要设置镜像

就是中科大，本校。
http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/

6.R包安装和使用的逻辑

（1）安装 加载 使用
（2）已安装，不加载，直接使用
包名 ：：函数名，表示显式的指定用某个包里的某个函数，通常用于实战中仅用一次的函数，也适用于两个包中的函数名有冲突的情况。

7#常见疑问
如果说有大片提示，检查error，没有就忽略。
（2） package not available
原因一：包名写错
原因二：安装命令使用错误
原因三：跟版本极少有关系，如果有就查找官网版本。或者下载历史版本R包。
从老师简书搜索。
（3）是否更新
重复 三次 n，三次后还报错就更新。
不想回答：安装命令加参数，update=F ask=F
（4）加载A包，报错B包不存在。
B为依赖包，先安装。

问是否更新，“不存在”

本质是R包之间复杂的依赖关系
大多数情况下，依赖包会自动安装
（5）报错中有 connection url 404 http
说名网络原因
代码看PPT

满分操作：判断式安装

if(!require(stringr))install.packages("stringr")

认清函数和数据。看懂代码
@ 是狭义对象取子集。
save 专门能识别文件名
基础的问题必须解决。重视基础。