写在前面
为什么 TBtools 用起来舒服，相比于不少其他软件，同质非同质的？我想了很久，可能原因之一，即“开发者即用户本身”，简单来说，“我写的软件是就是给自己用的”，而不是去满足其他人的什么需求。但事实上，只要是相关领域，大家的需求总是类似的。我从来专门征集过大家都普遍需求的功能，但只会开发我觉得对我有用的部分。这样的模式，应该是最合适的。
回到主题，Circos 图是目前生信大数据时代常用的可视化方式之一，可以全基因组尺度可视化各类 Track。TBtools 的 Circos 绘制功能，我之前就提过，写出来也只花了一个中午，因为我早就在 JIGplot 绘图引擎中加入的极坐标系功能，画 Circos 无非就是一个柱形图，再做一次极坐标转换....
旧版本的 Circos
前面的 Circos 主界面如下
咋看下去设计还可以，我们直接 Load 以前的 Project。加载完了如下
发现没有界面没有任何改变，点击可视化。主界面如下
Show Control Dialog 即控制参数界面如下
在其中可以做各类调整....但是，
- 参数很多；界面混乱；不方便找到对应参数
- 无法再增加新的 Track...
- 无法调整已有 Track 的参数...
新版本的 Circos
为了解决上述问题，我思考了挺长，主要还是需要自己设计一个GUI功能。这应该是我个人的问题，我不太愿意使用一些第三方类库，如果是非开源，那么我没钱可以买授权；如果是开源，你用了那么就有一些奇奇怪怪的人喊你也要开源你自己的项目（PS：其实只要你不修改该项目源码，绝大多数时候并不需要开源自己的项目）。Anyway，只基于 Java 类库类做 GUI 其实也不容易，毕竟可用的组件还是20多年前的那些。大体折腾了下，得到如下
开发了这个组件之后，我们就可以通过简单隐藏菜单来实现。于是，补充另外一些新的调整，现在的 Advanced Circos 界面如下
可以看到一些“无限添加 Track”的部分已经消失....
我们直接加载已有项目，可以看到，染色体骨架以及其他文件都会自动添加进行，并显示在界面上，支持用户替换和进一步编辑
点击可视化，可以看到
打开参数界面，可以看到
比如，换换颜色，调整调整 Tile 模式等
写在最后
一两年前，有个朋友要用 TBtools 绘制 Circos 图，用来用去，可能不太习惯，最后他应该是放弃了。回头来看，原因简单。我自己用着也知道，确实原来的版本，用起来不舒服....现在优化好了，不过这个朋友估计也不会用了，或者也毕业了。
路漫漫其修远兮~希望这位朋友科研顺利，事业有成。
