正在司马迁编写史记时，意外降临，他因李陵事件而得罪汉武帝，被刑了宫刑，当时他已经有46岁了，宫刑后，司马迁只活了14年。这一年是公元前99年。
那么李陵事件到底是怎么回事呢？
李陵是西汉将领，李广之孙。曾率军与匈奴作战，战败被俘，汉朝夷其三族，致使其彻底与汉朝断绝关系。
李陵战败之后，汉武帝知道了消息，开始武帝还以为李陵已经战死殉国。但是随后边塞守军报告，李陵还活着，而且投降了匈奴单于。
这时候的李陵就是墙倒众人推。听闻李陵确实投降了匈奴，而且在为匈奴单于练兵。
你让汉武帝怎么想，怎么做？总不能说你李陵是大英雄再给你赐予金银牛马吧？
再说李陵你毕竟是在匈奴那边，作为汉朝大将你战败后，跑到敌人阵营里去，不论你心里到底是怎么想的，是暂时寄人篱下，将来伺机报复反击匈奴？还是心已归匈奴？作为一国之君，那是不会对李陵有什么好印象的。
那以后一旦作战不利都去投降匈奴了，这战争还怎么打？
在这种情况下，汉武帝又轻信了谗言，结果直接杀死了李陵的家人。李陵固然是伤心家人无故被杀，但是最为重要的是他不敢再回汉朝。
司马迁为李陵说了几句公道话，就被汉武帝认为司马迁是和李陵一伙的，结果就给司马迁上了宫刑 。这件事后人得知此事，也是通过司马迁的《报任安书》中才得知真相的。
在这封《报任安书》中，司马迁说的很清楚。
以为李陵素与士大夫绝甘分少，能得人之死力，虽古之名将，不能过也。身虽陷败，彼观其意，且欲得其当而报于汉。事已无可奈何，其所摧败，功亦足以暴于天下矣。
司马迁说李陵战败归降于匈奴，恐怕是迫不得已，李陵可能会伺机行事，以雪前仇的 。
这一下子惹恼了汉武帝。结果怎么样呢？
而为李陵游说，遂下于理。拳拳之忠，终不能自列。因为诬上，卒从吏议。家贫，货赂不足以自赎，交游莫救，左右亲近不为一言。身非木石，独与法吏为伍，深幽囹圄之中，谁可告愬者。
这是《报任安书》中的其中一段。
大意是我家境贫寒，微薄的钱财不足以拿来赎罪，朋友们谁也不出面营救，皇帝左右的亲近大臣又不肯替我说一句话。
我血肉之躯本非木头和石块，却与执法的官吏在一起，深深地关闭在牢狱之中，我向谁去诉说内心的痛苦呢？
这些，正是少卿(指好朋友任安)所亲眼看见的，我的所作所为难道不正是这样吗？李陵投降以后，败坏了他的家族的名声，而我接着被置于蚕室，更被天下人所耻笑，可悲啊！可悲！
