赤眉军分成两路向西进攻长安。刘玄派兵去抵抗，接连打了几个败仗，急得他不知道怎么办才好。这时候，张卬，王匡他们也被邓禹打败了，逃回了长安。他们看刘玄撑不住了，就私下商议说；‘“赤眉说到就到，咱们没法在这儿待下去了，不如趁早抢些财物，回南阳去再找路子。要是南阳也守不住，咱们就到大湖里去做强盗，不愁没吃没喝。”他们就派人去见刘玄，向他说了这个主意。刘玄很生气，没答应。
张卬见刘玄不肯走，就想着发兵强迫他离开长安。他和申屠建几个人密谋，要绑架刘玄，带她离开长安。不料，刘玄得到了消息，先下了手，他假装得了病，让张卬他们进宫探望，想一块儿杀掉他们。张卬他们进了宫，感觉气氛不对，连忙退了出去，只有申屠建没走，刘玄就下令杀了申屠建，又发兵去大张卬。张卬也撕破脸皮，领着手下人到长安的街市上抢了一通，又打进皇宫，要抓刘玄杀了他。刘玄抵挡不住，慌慌张张地带着妃子逃出皇宫，出了长安城，跑到老丈人赵萌的军营里。起义军就这么互相火并起来。
刘玄逃到赵萌那里，一想，像张卬，申屠建那么受信任的将领都跟自己翻了脸，说不定还有人跟他们一样，要搞政变。他看陈牧和成丹两个人不对劲儿，就把他们召进来杀了。不想这样一来，别的将领寒了心，都冲着刘玄来了。王匡资格最老，他带着自己的部下攻进长安，与张卬合在一起，要跟刘玄算账。刘玄还想挣扎一下，命令赵萌领兵反攻长安。双方你来我往，打了一个多月。王匡，张卬守在城里，粮草没了，只好撤出长安，往东跑了。刘玄又回到了长安。
这时候，赤眉军已经到了长安城外。前些日子，樊崇他们知道刘玄不行了，想另外立一个姓刘的人做皇帝。队伍里姓刘的人还真不少，一找就找出七十多个，其中有个叫刘盆子的小孩，据说跟皇室的血统最近。他才十五岁，是给樊崇的部下看牛的，大伙儿都管他叫牛倌儿。樊崇就决定立他为天子。大伙儿让刘盆子换身衣服。他不依，还哭着不走。结果只好让他披着头发光着脚，破破烂烂地去见樊崇。刘盆子见了樊崇，不敢再使性，乖乖地穿上了小皇帝的衣服，戴上了小皇帝的冠冕。樊崇领着部下，共同立刘盆子为天子。文武百官向他朝见，窘得他不知道该怎么应付。一退了朝，他赶紧换上了原来的衣服，溜到外面，要跟别的牛倌在一块儿。大伙儿只好把他留在屋子里，吩咐手下人看紧了别让他随便出去。
赤眉军就打着汉天子刘盆子的旗号，来到长安城外，准备攻城。刚巧张卬和王匡带兵从长安逃出来。他们无路可走，就归顺了赤眉军，回过头来领着赤眉军打进了长安城东门。刘玄刚进长安，还没稳住劲，听说赤眉军进来了，急得没法儿可使，骑上马从北门逃了出去。他跑到部下严本那里。严本把他软禁起来。过了些日子，赤眉军的使者来到他跟前，传者上面的命令，叫刘玄投降。使者又说，，现在投降还可以封王；过了二十天，他要投降也不允许了。刘玄只好跟着使者到长乐宫去见刘盆子和樊崇。他光着上身，向刘盆子奉上了玉玺。刘盆子当然只听樊崇的，封刘玄为长沙王，让他住在长安。更始政权就这么完了。没多久，刘玄也被赤眉军的将领暗杀。
长安打得热闹的这时候，汉光武帝正在攻打洛阳。他把朱鲔困在洛阳有好几个月了，可还是打不下来。现在听说刘玄那边完了事，就派人劝朱鲔投降。朱鲔因为当初自己主张杀刘演，害怕被刘秀记仇报复，不肯降。汉光武帝知道了，给他下了保证，不但不追究，还要重用。朱鲔这才放心，加上内无粮草，外无救兵，只好带着队伍出来投降。汉光武帝让他做了将军，还封为候。打下了洛阳，汉光武帝就把洛阳作为京都。他建的汉朝，历史上叫东汉，或是后汉。
汉光武帝在洛阳很不放心。各地方自立为王，自立为帝的人还真不少，占据一块小地方做土皇帝的，那就更多了。要想平定天下，非把这些割据的势力消灭不可。他最不放心的，还是赤眉军这一路。赤眉军占领着长安，是个大威胁，就不知道领兵西进的邓禹打的什么主意，为什么还不攻打长安呐？
邓禹不但不攻打长安，反倒带着军队越走越远了。他对将士们说；“咱们孤军深入，前面没有给养，后面运粮困难。赤眉刚进长安，正在势头上，马上和他们交战，难得吃亏。可他们人多粮少，在长安待下去，迟早是要变动的。我探听到上郡，北地，安定三个郡有的粮食和牲口。咱们不如先拿下这三个郡，给养就不用愁了。等到长安乱了，在打不迟。”
邓禹带着人马，绕着个大弯儿由东往北，转西向南开走了。这时候，赤眉军在长安城里，把粮食吃光了，再也待不下去了，就想出城找个活路。可他们还能到哪儿去呐?往北，邓禹的军队扼住了北上的道儿；往东，洛阳已经成了汉光武帝的大本营；剩下的只有往西一条路了。樊崇带着几十万大军向西流亡，没想到那些地方跟长安也差不了多少，粮食牲口早给邓禹的军队搜刮去了。赤眉军只好再往西走，谁知道祸不单行，碰到了暴风雪，冻死了不少人马。樊崇万不得已，只好又折回长安。
这时候，邓禹的兵马趁赤眉军离开的当儿，已经进了长安城。这一年，关中一带闹饥荒，老百姓都没吃的，何况军队呐？赤眉军也不去攻城，吃饭活命要紧，就刨起汉朝历代帝王和皇后，妃子的坟来，那里面埋着不少金银，珠宝，玉器什么的，都想发一笔财。邓禹知道了，立刻发兵去攻打，想不到赤眉军还有实力，邓禹打了个败仗，连长安也丢了，慌忙退到高陵（在陕西西安北）。他怕军中粮草不够，只好向汉光武帝求援。
汉光武帝连忙派冯异带着一队兵马去代替邓禹。他嘱咐冯异说；“长安一带老百姓已经穷到了极点，将军这次去征伐，要是赤眉肯投降，就让士兵都回家去种地，最要紧的是安定人心，不要随便杀人。”冯异答应着，带着军队往西去了。汉光武帝又给邓禹下诏书说；“千万别死拼。赤眉没有粮食，一定会到东边来的。我这儿已经准备好了，你赶快回来。”
冯异到了长安，就向赤眉下战书。他带着人马来到崤山（在河南渑池西）打下埋伏。赤眉军因为缺吃的，要往东撤退，一到崤山就中了埋伏，拼死拼活打了一天，死伤了一大半。冯异让一些士兵也在眉毛涂上红颜色，打扮成赤眉的士兵，混进赤眉的队伍。赤眉军正进退两难，冯异的将士们大叫大喊；“赶快投降！投降不杀!”那些假装赤眉的士兵马上响应；“咱们投降！咱们投降！”赤眉军一下子军心大乱，好多人放下了武器，归顺了汉军。
剩下的十几万赤眉军由樊崇带着，向东到了宜阳（在河南西部）。冯异又火速派人报告给汉光武帝。汉光武帝连忙率领大军，在熊耳山布置好埋伏，等赤眉军一过来，就把他们团团围住。樊崇没法儿走脱，只好派人向汉光武帝求和。汉光武帝下令让他们投降，樊崇就带着刘盆子去见汉光武帝，奉上了玉玺。赤眉的将士也交出了铠甲和兵器。
汉光武帝吩咐赶紧做饭，让十多万赤眉兵一顿饱饭。接着，他把樊崇他们带到了洛阳，给他们官做。可这些人是赤眉的首领，十多万赤眉兵还是向着他们呐。汉光武帝嘴上不说，心里总觉得留着他们不妥当。没到几个月，樊崇也憋不住了，密谋要反叛，再打自己的旗帜。汉光武帝就拿谋反的罪名把他们杀了。
绿林，赤眉这两支最大的起义军，到这时候，都给汉光武帝收拾了。可他还是不放心，因为各地自称王，自称帝的还有不少，天下正乱着呐。这里边势力最大的，要数陇西的隗嚣，河西的窦融和蜀地的公孙述。
