目标图如下：
>>>开始
先从用VDJdb开始，上传了vdjtools格式、未经mixcr转换格式的文件，表头是：
在VDJdb官网不知为何注释失败，在网上找VDJdb使用教程的时候找到了用immunarch包进行注释的教程（使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析（九）：Annotate clonotypes using immune receptor databases - 简书 (jianshu.com)
）。
因为groovy安装有点问题，安装了windows的installer，配置了环境变量，但是在命令行里groovy -v是没有的，故不能根据上图步骤执行。
下载的“vdjdb-db-master”数据库文件夹里没有代码所需的注释文件（vdjdb.slim.txt），到github上找，后来根据官网上的链接（”https://gitlab.com/immunomind/immunarch/-/blob/master/private）找到并下载，但是缺失了最后两列“clain”、“Pathology”，所以不能筛选疾病类型。
vdjdb =read.table("D:\\vdjdb.slim.txt",sep='\t',header=T,quote = "", fill=TRUE)
#, sep='\t',header=F
fix(vdjdb)
dim(vdjdb)
#colnames(vdjdb)=vdjdb[1,]
#rownames(vdjdb)=vdjdb[,1]
#vdjdb<-vdjdb[-1,]
colnames(data$A1.TRA)
colnames(immdata$data)
rownames(vdjdb)
vdjdb
vdjdb_st =read_tsv("D:\\SearchTable-2019-10-17 12_36_11.989.tsv","vdjdb-search", .species = "HomoSapiens", .chain = "TRA",.pathology = "ccRCC")
fix(vdjdb_st)
vdjdb_st
colnames(data)
dim(data)
colnames(vdjdb_st)=vdjdb_st[1,]
vdjdb_st<-vdjdb_st[-1,]
View(data)
library(immunarch)
data(immdata)
Convert.A1.TRA<-repLoad("C:\\Users\\Administrator.DESKTOP-4UQ3Q0K\\Downloads\\vdjtools-1.2.1\\vdjtools-1.2.1\\弦图Convert\\ConvertA1TRA.txt")
Convert.A1.TRA<-repLoad("D:\\mixcr-3.0.13\\弦图\\A1.TRA.txt")
Convert.A2.TRA<-repLoad("C:\\Users\\Administrator.DESKTOP-4UQ3Q0K\\Downloads\\vdjtools-1.2.1\\vdjtools-1.2.1\\弦图Convert\\Convert.A2.TRA.txt")
file_path = "D:\\mixcr-3.0.13\\弦图\\N.A"
A1.TRA<- repLoad(file_path)
View(A1.TRA)
A1.TRA
#Convert.A1.TRA<-as.list(Convert.A1.TRA)
#Convert.A2.TRA<-as.list(Convert.A2.TRA)
#sapply(data, function(element) {print(names(element))})
#data<-list(Convert.A1.TRA,Convert.A2.TRA)
names(data)[1] <- "A1.TRA"
names(data)[2] <- "A2.TRA"
class(data)
dbAnnotate(A1.TRA$data,vdjdb,"CDR3.aa", "cdr3")
dbAnnotate(immdata$data, vdjdb, "CDR3.aa", "cdr3")
dbAnnotate(immdata$data, vdjdb_st, "CDR3.aa", "CDR3")
最后一行的注释代码里，"cdr3aa"是自己的数据里的。"cdr3"是数据库的。
更改读取数据方式为repLoad以后，读入的数据类型就是list，不需要转换。（之前用read.table的方式读入，需要很麻烦的转换成二层嵌套的list结构，但其实不应该这样）
读入不了数据（横线处：unsupported format，skipping），应该是不能用转换格式后的数据。
改成读mixcr直接出来的数据，放在“D:\mixcr-3.0.13\弦图\N.A”（A1.TRA-A6.TRA）。还需要上传一个metadata.txt，里面要有一列列名为Sample，每行为样品名的矩阵，样品名可直接用数字简单代替。
得到用immunarch注释的结果如下：
但这并不是一开始想做的表格。重新思考发现，应该是用VDJtools做的表格，其中注释的命令下这个文件的后缀比较像，但是里面的列名内容不太一样。
官网写已弃用，抱着先试试的心态用命令行跑一下：
VDJtools命令行告知到vdjdb.cdr3.net这个网站，但这个网站就是一开始注释不成功的网站。接下来尝试用VDJmatch，先找到了github上的内容，检索发现也许是能产生预期的表格的。
>>>开始VDJmatch
1.3.1的版本不能用，可以下载旧一点的版本。下载了1.2.2的版本。
下载成功后，切换到所在文件夹，更新：java -jar vdjmatch-1.2.2.jar Update（不知道为什么不行，但是好像不影响之后的注释）
仿造运行vdjtools的命令输入java -jar vdjmatch-1.2.2.jar VDJmatch V1.2.2
试着用match一下看看能不能注释：java -jar ./vdjmatch-1.2.2.jar match A1.TRA.txt A1.TRA
报Missing required options: S, R
一开始不知道是什么意思，在github上VDJmatch 命令行选项往下看到：
根据VDJtools上填写的方式，参数可能填在功能名后面、样品名前面：java -jar ./vdjmatch-1.2.2.jar match -S human -R TRA A1.TRA.txt A1.TRA
看起来命令可以，数据库文件找不到，把之前下载的vdjdb.slim.txt复制到目录下，并修改文件名为vdjdb.slim.meta.txt
报找不到vdjdb.slim.txt
看样子程序需要两个文本文件
本来想和找vdjdb.slim.txt一样如法炮制到github上找vdjdb.slim.meta.txt，突然发现vdjmatch-1.2.2文件夹下有一个压缩的vdjdb文件夹，解压之后，产生了：
于是vdjdb.slim.meta.txt就这样送到了面前。（好奇驱使我先打开html看看是什么，发现打不开）
重复运行刚才的命令：
出来了一个A1.TRA.annot.summary文档，有sample_id metadata_blank db.column.name db.column.value unique frequency reads db.unique weight 但是是空的。
输入文件是这样的：
我认为也许用转换格式后的文件java -jar ./vdjmatch-1.2.2.jar match -S human -R TRA Convert.A1.TRA.txt A1.TRA
奇迹发生啦
Problem solving！
A1.TRB注释遇到内存不够的情况
但是A2.TRA很快注释完了，查看原文件发现文件大小是递增的，所以与原文件大小无关。
A3.TRA也是很快注释完了，先把TRA的都运行了一遍，都很快注释完成。
也许是TRB与TRA不同的原因，运行A2.TRB和A3.TRB时，都遇到java heap space，是时候再看看它还有哪些原因了。
先尝试了一下上次解决同样问题时用到的export MAX_MEMORY_OVERRIDE=12800
但是这个命令是liunx的，下面寻找在windows上设置的办法。
解决TRB的问题：
linux上VDJmatch的尝试
因为linux上运行快，并且也许不会遇到内存限制的问题。将文件复制到目录下。
java -jar vdjmatch-1.2.2.jar match -S human -R TRB Convert.A1.TRB.txt A1.TRB
报： java.net.ConnectException: Connection refused (Connection refused)
试了下TRA也是同样报错，所以应该不是A和B的关系。
先不用linux，换个角度，解决windows上内存不够的情况。在网上找到的方法：
>>>在windows上设置增加运行内存
新建环境变量行不通，搜索MAVEN _ OPTS
搜索maven环境搭建
要下载对应的包，虽然有点疑虑，因为TRA不用这样，但还是决定先试试。这个教程里写的很清楚。
Maven 环境配置 | 菜鸟教程 (runoob.com)
在这里还看到了mvn -v是linux和mac的命令。
两种方法（下图）。但依然报'mvn' 不是内部或外部命令，也不是可运行的程序
问题找到了，配置path变量的时候前面多打了一个分号，并且要重新打开命令行进行测试是否配置成功mvn -v或者mvn -version都可以。
重新跑TRB的命令，发现切换路径以后，直接
java -jar ./vdjmatch-1.2.2.jar match -S human -R TRB Convert.A1.TRB.txt A1.TRB就可以，不用像VDJtools一样先加载。
依然是Java heap space。
set MAVEN_OPTS=”-Xmx20000M -XX:MaxPermSize=512m”
依旧不行。根据上次的一次尝试，将用户变量里的MAVEN_OPTS如下更改：
-Xms4000m -Xmx20000m -XX:MaxPermSize=1024m -XX:+CMSClassUnloadingEnabled XX:SurvivorRatio=8 -XX:+UseConcMarkSweepGC -XX:+UseParNewGC -XX:+UseCMSCompactAtFullCollection -XX:+CMSParallelRemarkEnabled -XX:CMSInitiatingOccupancyFraction=70
老师之前成功的设置是在linux上用export MAX_MEMORY_OVERRIDE=12800，根据网络上其中一种在linux上的解决方法是export MAVEN_OPTS=-Xmx1024m -XX:MaxPermSize=512m，已知windows上设置用户变量的方式是把MAVEN_OPTS设置成-Xms4000m -Xmx20000m -XX:MaxPermSize=1024m，所以尝试在windows里把MAX_MEMORY_OVERRIDE设置为12800（猜测这个办法应该不行，在搜MAX_MEMORY_OVERRIDE的时候找到了另一种方法windows下配置tomcat服务器的jvm内存大小的两种方式 - 海绵般汲取 - 博客园 (cnblogs.com)）明天试一下用tomcatw
再尝试：set "JAVA_OPTS=%JAVA_OPTS% -Xms4000m -Xmx20000M"（不行）
java -Xms4000m -Xmx20000 vdjmatch
查看堆的初始值和最大值
java -XX:+PrintFlagsFinal -version | findstr /i "HeapSize PermSize ThreadStackSize"
windows下查看某个java进程运行所需内存
在C:\Program Files (x86)\Java\jdk1.8.0_73\bin下找到了jconsole
窗口看不到PID号，怎么都缩放不了。
bin下找到了jps，但是打开不了，会闪退。jstat也是。
更改了电脑的高级缩放设置为200%（之前为300%），终于看到了PID号
选中vdjmatch并点连接
已知在cmd控制台下输入 jps 命令，即可列出当前电脑运行的java程序的所有进程，但是
有写入权限，依然无法用jps，教程最后都是打开这个文件夹的图，不知道是不是正在运行的java进程的pid号的意思。（如果是的话我的如下图是7824）
教程里一般是发现“组或用户名中没有我当前使用的用户”，但是我的组或用户名中是有我的账户的，并且也可以在这个文件夹下创建文件。
>>>“后数据处理”
师姐想把前六个为一组进行注释，所以我用R将它们按列拼接了起来，拼接后还是vdjtools格式，但是程序就识别不了了（从count开始识别不了）。老师说多个样品的数据应该不能那么简单的拼接，应将6个注释结果汇总。
我发现拼接完后缺失了一些数据，所以接下来按注释后frequency这一列的值进行排序，把最优的筛选出来。
遇到的一些报错解决：
传入txt文件时读取不了的报错Error in type.convert.default data ill, as.is s= as.is[i]，dec = dec， invalid multibyte string at '<ff><fe><63>'
