脚本更新--整合有效分数(ES)、成对细胞互作(PCI)及细胞邻域(CN)分析的多层空间分析

作者，Evil Genius

今天周日，更新一下脚本。

首先我们要知道几个概念

有效分数（ES）：图上给了计算公式，邻域细胞数/目标细胞数，邻域细胞越多，ES值越大，那也就是说，如果一个区域的ES值越大，目标细胞的邻域细胞量越大。

ES值越大的生物学意义，在于说明邻域细胞越多，功能越复杂，存在明显的分区。

细胞互作与CN的分析，大家要注意，这个时候不再是细胞邻域的细胞数量矩阵，而是细胞种类出现的细胞频率矩阵，细胞频率矩阵再往下分析CN与细胞互作。

分析还要注意指定的邻域范围，邻域细胞比较少的目标细胞（默认至少有3个邻域细胞）直接去除。

当然还有识别空间背景和有效细胞的内容。

更加详细的内容会分成好几篇文章讲解，今天我们就来更新这部分脚本，上午测试了测试。

简单汇总一下脚本需要实现的目标

数据加载与预处理：读取h5ad格式的空间转录组数据

目标细胞筛选：根据指定的细胞类型提取目标细胞

邻域分析：计算每个目标细胞在指定半径内的邻居细胞

矩阵构建：创建邻域计数矩阵和频率矩阵

聚类分析：KMeans和Leiden两种聚类方法

细胞通讯分析：对每个CN簇进行细胞间相互作用分析

可视化：生成空间聚类图和热图