脚本更新--空间转录组CN联合邻域通讯

作者，Evil Genius

今天我们需要继续更新脚本，实现一下的目标


对于空间转录组而言，通讯分析是必须要考虑空间的临近关系，这已经是科研人员的共识，我们在2025年单细胞空间系列课程、2024年单细胞空间系列课程上都多次提到这个问题，也提到了多种分析方案。

那么对于高精度空间转录组，我们需要联合CN与细胞通讯分析。

整体的分析思路是

1、基础分析 + 细胞注释，放在adata.obs['celltype']下面。
2、分析CN，就是细胞niche，两种方法可选 ：一种是指定一定的距离范围（windows策略）， 一种是指定最近邻的多少个细胞（最近邻策略）。
3、聚类分析：聚类也是可选leiden或者kmeans。
4、聚类后的每个CN分析显著富集的细胞类型 ，然后抽取每个CN显著富集的细胞类型（细胞id）进行细胞通讯分析（推荐cellphoneDB）。

整体分析下来就实现了空间通讯分析。

全流程python脚本

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