脚本更新---空间转录组功能细胞邻域(FunCN)

作者,Evil Genius

今天我们更新脚本,功能细胞邻域(FunCN)。

2025年的培训多次讲过,现有方案主要通过两种方式界定细胞邻域:

一是纳入参考细胞固定半径r内的所有细胞
二是选择参考细胞的k个最近邻细胞,并通过统计邻域内各细胞类型的比例进行量化。

两种方法大家有时间复习回看一下。

然而这些方法存在明显局限:

其一,未考虑邻域细胞与参考细胞的相对距离,将边界内所有细胞等同对待;
其二,两种方法均对细胞邻域设置明确边界,无法有效建模半径r或第k最近邻之外细胞的影响。例如,与细胞保持适中距离的大型三级淋巴结构(TLS)虽超出既定边界,仍可能对细胞功能产生重要影响。

所以在分析的时候,通过距离加权方式计算所有周边细胞对ref细胞的影响成为了更好的选择。

分析在FunCN量化中较远细胞的影响会相应减弱。最终每个细胞的FunCN表征为一个长度等于细胞类型数量的权重向量,其所有非负权重分量之和为1。

从而实现精细化的邻域分析

其中我们主要需要分析得到的内容


我们来实现一下,全流程python脚本,其中python语言的定义函数和面向对象,将会在11月的培训中讲解并运用。

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