尽管文艺复兴时期有许多重要的哲学家，现代时期第一个真正重要的哲学体系却是法国人勒内·笛卡尔（1596—1650 年）的哲学体系。笛卡尔可能相貌平平，但却非常聪慧。
笛卡尔得以跻身思想巨人的圣殿，首先凭借的是他对解析几何的发现，他由此实现了毕达哥拉斯证明平面几何与理论代数之间关系的梦想。
在数学上作出贡献之后，笛卡尔在 1633 年本打算出版他的物理学手稿，但当他得知十七年前伽利略就是因为教授与他极为相近的有关物质世界的观点而遭到宗教裁判所逮捕时，他就跑到（而不是走到）他的出版商那儿将手稿取了回来。
伽利略的罪行在于他用自己新发明的望远镜发现了木星周围有四颗卫星。
为什么人们会在乎这个呢？为什么宗教裁判所的教士们这么在乎呢？
因为文艺复兴时期的思想从中世纪继承了这样的观点，即伊甸园位于宇宙的脐部，上帝创造的宇宙的其余部分是同心环，中心是上演人类戏剧的舞台。
当然，一直流传着太阳而非地球才是星系中心这样的“谣言”。但是月亮围绕地球旋转这个不容置疑的事实却是对这个观点的科学反证。如果太阳是万物的中心，那么为什么月亮不围绕太阳而围绕地球旋转呢？
所以，如果说伽利略证明了有四颗卫星围绕着木星旋转，那么他就把地心说的最后一根支柱给抽离了。正如弗洛伊德后来所说，这一发现是对人类自视甚高的观念三次打击中的第一次打击。（其他两次打击是：达尔文揭示我们只不过是动物而已；弗洛伊德则发现我们是有病的动物。）
宗教裁判所的教士们可受不了伽利略所说的东西，于是伽利略被逮捕并判处终身监禁。他被关在家中，不准离开，五年之后死于家中。1642 年，他将对日心说理论的一种新的辩护方法偷运出去并在荷兰出版。
笛卡尔是个虔诚的天主教徒，但他认为像他的一些天主教徒同伴们（包括一些有权势的人）所想象和遵从的那种宗教充满了矛盾和迷信。他证明了他认为的教会对待新兴科学的反动立场是错误的，包括对伽利略的天文学著作。他还认为对人类的正确理解应该既包括精神上的价值观，也包括进行严密的科学研究的能力。他正确地认识到，如果宗教试图遏制科学大潮，那么宗教将会被冲走。但是笛卡尔可不想非待在监狱里证明不可。
所以，他决定通过把他的物理学思想偷偷写进一部名为《沉思集》的哲学著作中，来把这些思想逐步展现给不明真相的宗教当权派。笛卡尔以奴颜婢膝和自轻自贱的方式把这本书献给了“巴黎神学院的最睿智和最杰出的圣师们”。
与此同时，他在给朋友的信中写道：“书中的六个沉思包含了我思考物理学的全部基本思想。但请不要声张。”笛卡尔希望神学家们在意识到他们自身的观点遭到驳斥之前，对他的论证深信不疑。
