Day3-linux环境下的软件安装
conda介绍
conda是linux系统下类似于应用商店的软件，还有升级版miniconda和anaconda
在服务器上安装miniconda
下载miniconda
下载地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
查看使用的服务器是多少位的：uname -a
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然后下载对应版本的sh文件：
先用
cd 目录名称进入下载文件放置的文件目录，然后用wget 下载链接下载相应的文件（链接在下载地址处复制）
image.png
安装miniconda
bash 文件名即可开始安装
安装过程中需要enter或回答yes的地方：（图片引自生信星球的教程）
image.png
安装成功：
image.png
激活miniconda
source ~/.bashrc
输入conda即可检验软件是否可用了
image.png
添加镜像
配置镜像网站可以加快conda里的下载速度
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda的使用
查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list
image.png
用conda安装软件
conda install 软件名
如安装fastqc软件：
conda install fastqc -y （安装过程中conda的问题全部回答yes）
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fastqc --help指令若输出帮助文字，则说明安装成功
image.png
卸载软件
conda remove 软件名
conda remove 软件名 -y
conda环境
不同的conda环境可以指定不同的软件及其版本使用
查看当前的conda环境：conda info --envs
image.png
e.g. 建立一个名叫rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc和trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
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激活新的conda环境
conda activate 环境名
image.png
退出当前conda环境
conda deactivate
